POLIMORFISMO EN LA SECUENCIA GENÓMICA COMPLETA ENTRE UN CULTIVAR ARGENTINO Y UNA ESPECIE SILVESTRE DE TOMATE (Solanum SPP.)

CAMBIASO, V.; PEREIRA DA COSTA, J.H.; RODRIGUEZ, G.R.; PRATTA, G.R.; PICARDI, L.A.; FRANCIS, D.M.; ZORZOLI, R.

Mar del Plata

Congreso; XLIV Congreso Argentino de Genética; 2015

Sociedad Argentina de Genética

Actualmente con nuevas técnicas de secuenciación y teniendo un genoma de referencia, se han conocido las secuencias de más de 400 genomas de tomates cultivados y silvestres. El objetivo del trabajo fue analizar el polimorfismo entre la secuencia genómica del cultivar argentino Caimanta (C) de S. lycopersicum y la entrada LA0722 (P) de S. pimpinellifolium. ElADN fue secuenciado con un equipo Illumina HiSeq2500. Se obtuvieron para cada genotipo lecturas apareadas de 101 pares de bases (pb) a partir de ambos extremos de cada molécula de ADN. Los programas Bowtie2, Picard y GATK se utilizaron para alinear ambas secuencias al genoma de referencia, organizar y filtrar las secuencias por su calidad y detectar las variantes genéticas entre ambos genomas. Se utilizó VCFTools para trabajar sobre las listas de polimorfismos encontrados. Se obtuvieron127.746.858 y 132.442.070 lecturas de fragmentos logrando una profundidad promedio de cobertura de 15,35X y 15,79X para C y P respectivamente.Al comparar los genomas se detectaron 1.081.626 polimorfismos de una sola base (SNP) y 316.430 inserciones/deleciones (INDEL) distribuidos en los12 cromosomas. El cromosoma más polimórfico fue el 8 (130.590 SNP y 37.397 INDEL) y el menos polimórfico el cromosoma 3 (44.480 SNP y 14.765INDEL). Los resultados permitirán construir un mapa saturado con marcadores de ADN desarrollados en base al polimorfismo encontrado y detectar QTLs en poblaciones derivadas del cruzamiento entre C yP. Se concluye que se ha detectado un alto nivel de polimorfismo entre estos dos genotipos para todos los cromosomas. (Aceptado para ser presentado en forma oral)