Desempeño del módulo de mapeo asociativo en INFO-GEN

PEÑA MALAVERA, A.; BRUNO, C.; GUTIERREZ, L.; BALZARINI, M.

Catamarca

Congreso; XLVI Congreso Argentino de Genética; 2017

El menú para Mapeo Asociativo (MA) agregado recientemente al software Info-Gen que usa como motor de cálculo el software R permite realizar 4 modelos de MA. El nuevo módulo permite ajustar el modelo naive (sin corrección por estructura genética poblacional (EGP) ni parentesco), el modelo P (corrección de EGP mediante ACP), el modelo K (usando la matriz de parentesco) y el modelo PK (que combina la información de ACP y parentesco). El mapeo asociativo se realiza con la rapidez de ajuste proporcionada por R pero con la amigabilidad del software Info-Gen, es decir permite realizar los análisis sin necesidad de programar en R. Desde ventanas de dialogo se puede modificar el nivel de significancia, elegir si se desea o no corregir por multiplicidad y cual corrección desea usar (FDR o Li&Ji). En los modelos que usan la matriz P para corrección por EGP, permite indicar cuántas componentes desea usar en el ajuste, por defecto Info-Gen usará la cantidad de componentes significativas según Tracy-Widom.Entre los resultados que proporciona Info-Gen para todos los modelos son, población de mapeo, con la cual se ajustó el modelo, parámetros usados en el modelo, muestra la selección realizada previo al ajuste del modelo. Valores-p. Modelo, lista los valores p para cada marcador molecular y Marcadores seleccionados (Valor-p< Umbral), lista los marcadores con valores p significativos para el umbral seleccionado. Además se obtiene una salida grafica del -log10 de los valores p obtenidos luego de ajustar un modelo, con el umbral. Dependiendo el modelo ajustado las salidas incluyen la matriz de componentes principales significativos, la matriz K de parentesco y gráficos de las componentes principales.