Puesta a punto de procedimiento molecular para la detección de bacterias viables pero no cultivables de una cepa formulada como bioestimulante para cultivos agrícolas.

CLAUDIO VALVERDE; AGARAS, BETINA; PATRICIO SOBRERO

2021-08-01

2022-08-01

Produccion vegetal

Se plantean las siguientes etapas, para adaptar tecnología existente* al caso problema: 1.Selección y adquisición de primers y sonda TaqMan para qPCR específicos para la cepa 1008 en base a informe técnico provisto previamente por este laboratorio a la Empresa. 2.Selección y adquisición de reactivos e insumos para la detección (kit PMAxx/v-qPVR de Biotium).3.Selección y adquisición de fuente de luz azul LED para el pre-tratamiento de las muestras (Biotium).4.Generación de control positivo como referencia cuantitativa para qPCR (amplicón PCR purificado o clonado en plásmido).5.Establecer modelo de ?dead cells? (no viables) según bibliografía de referencia, para usar como muestra a testear (control negativo).6.Establecer curva de calibración de qPCR : Ct versus UFC 1008 (+/- PMA) y determinar límite de detección. 7.Verificar especificidad en presencia de otras bacterias emparentadas disponibles en nuestro laboratorio.8.Evaluación de respuesta en mezclas de distintas proporciones de viables y no viables, a partir de cultivos puros en medio líquido generados en laboratorio.9.Aplicación para la determinación de VBNC en el producto comercial Rizofos®.10.Aplicación a la detección de 1008 en semillas inoculadas. Determinar el límite de detección correspondiente. En esta instancia se podría comparar inoculación de semillas secas contra semillas pre-humedecidas para evaluar el posible efecto de deshidratación rápida sobre la viabilidad de las bacterias. También se podrían evaluar distintos tiempos de pre-inoculación y forma de conservación. Incorporar control de semillas inoculadas y desinfectadas superficialmente.11.Elaboración de protocolo detallado con la metodología para la detección de las bacterias de interés en las muestras biológicas. 12.Redacción del informe y provisión del instructivo (protocolo) para la detección de bacterias viables no cultivables de la cepa 1008.