Predicción de microRNAs baculovirales combinando un análisis por homología y small RNA-seq

SANTIAGO MANUEL GOMEZ BERGNA; TONGIANI, SILVANA E.; RICARDO SALVADOR; ROMANOWSKI VÍCTOR; PIDRE MATÍAS LUIS; FERRELLI MARÍA LETICIA

Valle Hermoso, Córdoba

Congreso; XLIII REUNIÓN CIENTÍFICA ANUAL DE LA SOCIEDAD ARGENTINA DE VIROLOGÍA; 2023

Sociedad Argentina de Virología

El Nucleopoliedrovirus Multiple de Spodoptera frugiperda (SfMNPV) es un virus que pertenece a la familia Baculoviridae y cuyo hospedador natural es Spodoptera frugiperda, una plaga de interés agronómico. Los microRNAs (miRNAs) son RNAs pequeños no codificantes capaces de regular la expresión de los genes de forma secuencia específica. Los miRNAs virales pueden regular genes tanto del virus como del hospedador a fin de facilitar su replicación. Al momento, varios miRNAs se han identificado y validado experimentalmente en otros baculovirus, tales como el Nucleopoliedrovirus de Autographa californica (AcMNPV), el Nucleopoliedrovirus de Bombyx mori (BmNPV) y el Nucleopoliedrovirus de Spodoptera litura (SpltNPV). Sin embargo, no se han descripto aún microRNAs codificados por SfMNPV. Es así, que para mejorar el conocimiento sobre la regulación de la infección por parte de SfMNPV, nos propusimos identificar miRNA virales mediante un análisis de predicción por homología, y un posterior small RNA-seq. Para esto, en primera medida realizamos alineamientos locales entre las secuencias de los miRNA maduros reportados en otros baculovirus y sus regiones genómicas equivalentes en SfMNPV.  Posteriormente, analizamos si el entorno genómico permitía que la secuencia adquiriera la estructura secundaria de horquilla, característica de los pre-miRNA. Finalmente, para continuar con la validación de la hipótesis de homología, realizamos búsquedas por nucleotide blast de los pre-miRNA predichos contra la base de datos no redundante. Finalmente, realizamos un ensayo de small RNA-seq de larvas de S. frugiperda infectadas con SfMNPV y evaluamos cuáles de los miRNA predichos se encontraban dentro de las lecturas secuenciadas. El análisis predictivo arrojó 2 miRNA potencialmente homólogos a los codificados por AcMNPV, 2 a los de BmNPV y 2 a los de SpltNPV. Mediante el análisis por RNA-seq, pudimos detectar a su vez lecturas que solapan con regiones de todos los pre-miRNA y a su vez detectamos lecturas que coinciden parcialmente con las secuencias de los miRNA virales predichos. Sin embargo, dentro de las lecturas identificamos regiones de los pre-miRNA que contenían mayor cantidad de lecturas que nuestras secuencias de interés, lo que estaría indicando que el miRNA maduro no se expresa en esa región en ese momento de la infección. En conclusión, pudimos predecir microRNAs codificados por SfMNPV mediante un análisis por homología y pudimos detectar parcialmente dichas moléculas en un small RNA-seq. Estos resultados contribuyen potencialmente al conocimiento sobre los mecanismos regulatorios entre el virus y su hospedador en el marco de la infección.p { line-height: 115%; margin-bottom: 0.25cm; background: transparent }