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Los cultivos hortícolas de América Latina se encuentran amenazados por la emergencia de nuevas especies de begomovirus. El noroeste de Argentina (NOA) es una de las zonas productoras que se ven seriamente afectadas debido a las importantes pérdidas económicas causadas por begomovirus. En esta región uno de los cultivos bajo invernadero más importante, es el cultivo de pimiento. La mayor incidencia de begomovirus en estos cultivos probablemente se debe al incremento y diseminación de su vector, la mosca blanca (Bemisia tabaci). Como parte de un trabajo de caracterización de la diversidad genética de virus de DNA que infectan pimiento utilizando metagenómica en Argentina, se plantea el objetivo de identificar especies de begomovirus que infectan pimiento. Se analizaron plantas sintomáticas de pimiento mediante Multiplex-PCR provenientes de tres localidades del NOA (Pichanal, Oran y Yuto). De las 52 plantas positivas, 21 fueron amplificadas mediante amplificación por círculo rodante (RCA) y purificadas. Estas 21 muestras se secuenciaron mediante el secuenciador: Illumina Hiseq1500 system (INDEAR). El análisis bioinformático consistió en eliminar adaptadores y secuencias de baja calidad, filtrar el genoma del pimiento, ensamblar de novo y luego identificar los marcos abiertos de lecturas de cada componente. Se seleccionó una de las muestras, en la cual se logró ensamblar la secuencia completa del DNA-Ay DNA-Bde un begomovirus. Estas secuencias se analizaron por BLAST y filogenéticamente. El porcentaje de identidad de secuencia nucleotídica del DNA-A fue del 85% con el Solanum mosaic Bolivia virus. Como el porcentaje obtenido resultó inferior al 91% el cual es el criterio de clasificación para este género de virus, se logró determinar la presencia de una nueva especie de begomovirus. Proponemos nombrar a esta nueva especie como Pepper Blistering Leaf virus.

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