Análisis de SNPs en genomas de Leptospira interrogans para la diferenciación molecular de serotipos preponderantes en Argentina

VARNI V; AMADIO A; NAGEL A; RUYBAL P; CAIMI K

Rosario

Congreso; XXIII Congreso Latinoamericano de Microbiología; 2016

ALAM, AAM

IntroducciónLeptospira interrogans es el principal agente etiológico de la leptospirosis en humanos y animales. La especie se subclasifica en más de 250 serotipos patógenos, que se transmiten a través del contacto de agua contaminada con la orina de animales portadores.Aunque los métodos de clasificación serológicos son los más utilizados, éstos son complejos e inexactos. En los últimos años se han complementado con métodos de tipificación molecular, como VNTRs ó MLST. Sin embargo, éstos últimos no permiten establecer  una asociación directa con la clasificación serológica, y varían en su capacidad discriminativa. En este contexto, nuestro grupo se ha centrado en la búsqueda de nuevas herramientas para la tipificación molecular basada en la secuenciación de genomas completos.En este trabajo se realizó la secuenciación genómica de dos aislamientos pertenecientes a los serotipos predominantes en Argentina: Pomona y Canicola, de importancia en Salud Pública y veterinaria. Los mismos fueron comparados con genomas extraídos de bases de datos pertenecientes a los los mismos serotipos y con distribución mundial. El objetivo fue identificar polimorfismos de un nucleótido (SNPs) que conduzcan a la diferenciación molecular entre aislamientos pertenecientes a los serotipos predominantes, y aportar así nuevas perspectivas a la epidemiología de este patógeno.Materiales y MétodosSe seleccionaron 2 aislamientos argentinos de la especie L. interrogans de serotipos Pomona y Canicola para realizar la secuenciación de sus genomas, mediante una plataforma Illumina. Adicionalmente se descargaron de bases de datos  (GenBank) 8 y 6 genomas de cada serogrupo, aislados en diferentes regiones geográficas. Cada genoma se comparó contra una cepa de referencia, identificándose las posiciones polimórficas (SNPs). Las mismas se utilizaron como secuencia concatenada para realizar un análisis filogenético de máxima verosimilitud. A partir de la filogenia generada, se estudiaron aquellos SNPs exclusivos de cada serotipo.ResultadosEl árbol filogenético presentó 2 clusters principales de aislamientos coincidentes con los serotipos. Adicionalmente se observaron clusters intraserotipo, en los cuales las cepas contenidas se relacionaban por su localización geográfica. Asimismo, se identificaron más de 2000 SNPs exclusivos de cada serotipo. Entre ellos, notablemente se observó el mismo número de SNPs (59) en genes que codifican para proteínas de membrana.ConclusionesLa comparación de genomas locales en un contexto genómico mundial permitió identificar aquellos SNPs presentes diferencialmente en cada serotipo estudiado. Éstos presentan perspectivas promisorias para la epidemiología molecular de Leptospira, teniendo como objetivo último la identificación molecular de variantes serológicas. Asimismo, la utilización de estos polimorfismos en análisis filogenéticos puede aportar precisión a las conexiones epidemiológicas entre aislamientos de todo el mundo.