Secuenciación del genoma de B. abortus. Genómica comparativa con B. melitensis y B. suis

AMADIO A

Buenos Aires

Simposio; Reunión Preparativa Red Iberoamericana de Bioinformática. SIMPOSIO. CYTED Cooperación Iberoamericana; 2003

SECYT

Se aislaron 3360 clones a partir de una biblioteca construida con fragmentos de entre 3-4kb.Se purificaron plásmidos de 1280 clones. Se obtuvieron secuencias de 961 de ellos. Las secuencias se ensamblaron utilizando Staden Package, dentro de una base de datos que contenía los cromosomas de Brucella melitensis ensamblados. De esta manera, nuestro objetivo se centró en obtener un set de clones que cubriera todo el genoma, lo cual podría alcanzarse con un esfuerzo mucho menor que el necesario por la metodología normal de shotgun. La identificación de clones que no presenten similitud con las secuencias de B. melitensis facilita la identificación de las regiones no compartidas entre estos organismos y su identificación rápida permite abocarse principalmente a ellas. La reciente publicación del genoma de Brucella suis permite realizar este tipo de estudio también con este microorganismo. De esta manera, comparando las secuencias completas de estas 3 especies del género Brucellae se abren muchos caminos para la posible comprensión de las diferencias fenotípicas observadas entre ellos, especialmente las relacionadas con la especificidad de huésped. Se compararon los genomas completamente secuenciados mediante alineamiento de sus genomas completos utilizando la herramienta de visualización Artemio Comparison Tool (ACT) para determinar regiones no compartidas entre los genomas. De esta manera, pudimos definir: (1) un conjunto de genes que se presentan solo en uno de los organismos analizados; (2) un conjunto de genes que presentan diferencias en el tamaño del producto, ya sea por diferencias en la secuencia proteica producida, productos truncados por la introducción de codones stop, entre otro tipo de modificaciones.