Estudio de la estructura poblacional de un rodeo lechero usando un microarreglo denso de SNPs

CARIGNANO HA; RASCHIA MA; BERIBE MJ; AMADIO AF; MIRETTI MM; POLI MA; ROLDÁN DL

Salta

Congreso; XLII Congreso Argentino de Genética; 2013

Sociedad Argentina de Genética

Una estrategia para estudiar las bases genéticas de la susceptibilidad a enfermedades es efectuar estudios de asociación genética a nivel genómico (GWAS). Estos estudios asumen que tanto"casos" (individuos enfermos) como"controles" (individuos sanos) son muestreados en la misma población, y que las diferencias en frecuencias alélicas se deben al fenotipo. La presencia de subpoblaciones con distintas ancestrías (estratificación poblacional) en la población de mapeo, produciría asociaciones espurias. El objetivo del trabajo fue estudiar la estructura poblacional de un rodeo lechero comercial que será utilizado en un GWAS para la infección por el virus de la leucosis bovina. 898 vacas de razas Holando y HolandoxJersey distribuidas en 27 familias de medias hermanas fueron genotipadas con el Bovine 50KSNPchip. La presencia de estratificación y la asignación de individuos a clusters se evaluaron con el programa STRUCTURE, bajo un modelo de admixture, que asume que los SNP están no ligados y en equilibrio de ligamiento dentro de las poblaciones. Se seleccionaron 2644 SNPs no ligados (r2 cercano a 0) y que cumplían con ciertos criterios de calidad (call rate, MAF, HWE). El número de poblaciones ancestrales (K) que fueron subsecuentemente mezcladas para formar este rodeo fue estimada según Evanno et al. (2005), determinándose un K=3. Se observaron 4 subpoblaciones y se asignaron los individuos a cada subpoblación (n1=193, n2=255, n3= 236 y n4=241 individuos). La identificación de estas sub-estructuras genéticas permitirá corregir falsos positivos en la etapa de mapeo fino.