Control de calidad de genotipado del beadchip SNP50K caprino en una retrocruza angora x criollo

CANO EM; DEBENEDETTI S; AMADIO AF; TADDEO HR

Salta

Congreso; XLII Congreso Argentino de Genética; 2013

Sociedad Argentina de Genética

La reciente disponibilidad de un microarreglo de polimorfismos de nucleótido simple (SNP) del genoma caprino incrementará la capacidad para investigar aspectos de diversidad genética y conducir estudios de asociación a nivel del genoma completo en esta especie doméstica. La calidad del genotipado es una de las propiedades clave que define el éxito de posteriores análisis estadísticos. El objetivo de este trabajo fue generar una base de datos de genotipos"limpia" a partir de una población retrocruza caprina Angora x Criollo. Muestras de ADN de 483 animales (10 abuelos, 5 padres F1, 140 madres y 328 hijos retrocruzas) fueron genotipados con el BeadChip SNP50K caprino de Illumina. El análisis de los datos fue realizado con el programa gPLINK. Dos criterios de filtrado fueron considerados: frecuencias alélicas mínimas (MAF) > 1% y una tasa de genotipificación ≥ 90%. Posteriormente, fue estimado el número y tipo de errores mendelianos presentes en la población bajo estudio. De un total de 53347 SNPs distribuidos uniformemente a lo largo del genoma caprino, 47256 SNPs superaron los umbrales de MAF y tasa de genotipificación considerados, correspondiendo al 88% del total de SNPs testeados por el chip. La estimación de los errores mendelianos en la población fue de 0,85% y el tipo de error detectado permitió en una etapa posterior reasignar y/o eliminar individuos con parentesco dudoso. A partir de esta base de datos depurada se conducirán estudios de búsqueda de QTL/haplotipos y mutaciones causales asociadas a caracteres productivos de la fibra y a características de la piel.