Evaluación preliminar de un conjunto de 35 SNPs en un rodeo de bovinos lecheros

RASCHIA MA; AMADIO AF; BERIBE MJ; CARIGNANO HA; COSTOYA SB; POLI MA

Mar del Plata

Congreso; 34º Congreso Argentino de Producción Animal; 2011

Asociación Argentina de Producción Animal

Numerosos trabajos describen asociaciones entre variantes alélicas de polimorfismos de nucleótido simple (SNP) y características productivas en bovinos lecheros. Un estudio de asociación requiere de SNPs con una frecuencia alélica mínima (FAM) ≥ 5%. El objetivo de este trabajo es caracterizar un conjunto de 35 SNPs en un rodeo comercial de razas Holando y HolandoxJersey. El estudio se realiza como etapa preliminar a la determinación de asociaciones entre distintas variantes alélicas de SNPs y caracteres productivos y sanitarios. El ADN utilizado se extrajo de muestras de sangre fresca obtenidas a partir de 1492 animales. La genotipificación se realizó mediante la metodología SNPlexTM y la aplicación del programa GeneMapper v4.0. Se analizaron 35 SNPs correspondientes a genes candidatos relacionados con la producción lechera y la resistencia a enfermedades. La búsqueda de SNPs se realizó en la base de datos dbSNP del NCBI y se los ubicó en el contexto génico con el programa Artemis. Las frecuencias genotípicas y alélicas y el equilibrio de Hardy-Weinberg (HW) fueron estimados mediante programas convencionales. El 94.43% de las reacciones de genotipificación fueron exitosas. En el cuadro se muestran los SNPs, las FAMs halladas y el HW, entre paréntesis se indica el número de muestras con asignación de genotipo para cada SNP. Cuadro: Estimación de frecuencias alélicas mínimas y equilibrio de Hardy-Weinberg para cada SNP. SNP FAM (%) HW SNP FAM (%) HW PRLR.S18N.158-159 13. 8% (1469) Si GHR_140 16.5% (1472) Si PRL_in1_188 31.2% (1475) Si CSN2.Pro67His 35.6% (1469) Si GH_51 49. 6% (1485) Si CSN2.Ser122Arg 4.8% (1444) No GH_335 13.0% (1452) No CSN1_AB 0.2% (1286) Si rs41256920 21.2% (1460) Si CSN1_BD 0% (1488) rs43706485 20.1% (1418) Si CSN1_BF 0% (1483) OPN_8514C-T_10043 47.4% (1376) Si CSN1_BCF 8.8% (1426) Si ABCG2.Tyr581Ser 0.9% (1485) Si PRL_g8398G-A 11.2% (1478) Si PPARGC1A.c1892.19 22.1% (1481) Si FASN_17924G-A 24.2% (1177) No PPARGC1A_230 13.2% (1463) Si OLR1_g8232C-A 33.5% (1352) Si PPARGC1A_337 7.3% (1472) Si DGAT1_159-160 34.9% (923) Si SPP1_11740 28.4% (1379) Si UTMP_1296G-A 36.1% (1427) No CSN3_AI 0% (1455) SNP9.rs43375517 33.5% (1473) Si CSN3_AE 9.8% (1457) Si SNP12.rs42213673 36.1% (1480) Si CSN3_AB 13.0% (1477) Si SNP24.rs43745957 46.2% (1451) Si LGB_in3ex4_276 8.6% (1242) No SCD1_A293V 15.6% (1474) Si rs43707839 49.2% (1457) Si OBESE_305T-C 44.1% (1456) No IL8_345 0.2% (1047) No Siete de los 35 SNPs no resultaron informativos para la población estudiada (FAM ≤ 5 %), lo cual era predecible para algunos debido a la ausencia en la población de los alelos I de CSN3 y D y F de CSN1. Para 7 SNPs la población no se encuentra en equilibrio de HW. Las variantes de caseínas que predominan en la población analizada muestran una tendencia coincidente con la publicada a nivel internacional (91% variante B para αs1-caseína-, 65% variante A2 para β-caseína y 77% variante A para κ-caseína). En base a los resultados obtenidos, 28 (80%) de los 35 SNPs del set inicial podrán ser utilizados para realizar estudios de asociación en este rodeo