Microevolución de una cepa deMycobacterium tuberculosis multirresistente en un mismo hospedador

VESCOVO, MARISA; YOKOBORI, NOEMÍ; PAUL, ROXANA; RITACCO, VIVIANA; FERNÁNDEZ DO PORTO, DARÍO; BENEVENTO FERNANDEZ, ANDRES; SIMBOLI, N; TURJANSKI, ADRIÁN; MONTESERIN, JOHANA; FERNÁNDEZ DO PORTO, DARÍO; VESCOVO, MARISA; MATTEO, MARIO; BENEVENTO FERNANDEZ, ANDRES; YOKOBORI, NOEMÍ; CAMPOS, JOSEFINA; SIMBOLI, N; PAUL, ROXANA; LÓPEZ, BEATRIZ; TURJANSKI, ADRIÁN; RITACCO, VIVIANA; MATTEO, MARIO; CAMPOS, JOSEFINA; LÓPEZ, BEATRIZ

Buenos Aires

Congreso; XV Congreso Argentino de Microbiología CAM 2019; 2019

Sociedad Argentina de Microbiología

Introducción y Objetivos: La diversidad de las cepas de M. tuberculosis dentro de un mismo paciente es conocida pero no totalmente comprendida. Las técnicas tradicionales de genotipificación permiten distinguir recaídas, reinfecciones o infecciones mixtas mientras que la secuenciación genómica masiva (SGM) permiteprofundizar acerca de las variantes clonales. La presencia de alelos minoritarios puede ser un buen indicador de diversidad. El objetivo de este trabajo es explorar la microevoluciónen 8 aislamientos seriados de un mismopaciente con tuberculosis (TB) multirresistentey adherencia inadecuada al tratamiento en un período de 5 años.Materiales y Métodos: Realizamos la SGM en INEI ANLIS. Empleamos el software BWA-MEM para mapear las lecturas obtenidas contra la cepa de referencia H37Rv (NC000962.3) y el software GATK para el llamado de variantes aplicando diferentes parámetros respecto a los análisis realizados.Anotamos las variantes con SnpEffy las cruzamos con la base de datos de resistencia desarrollada in house.Construimos el árbol filogenético con el softwareRAxML en el contexto de una colección global de genomas de M. tuberculosis.Resultados: Hubo correlación perfecta entre las pruebas fenotípicas de sensibilidad a drogas y la predicción genómica de la resistencia. El análisis filogenético global por SGM mostróque los aislamientos pertenecen alclado único 4.1.1. A pesar de esta consistencia monofilética, emergieron 26SNPs (single nucleotidpolymorphisms) en el transcurso de 56 meses de tratamiento anti-TB. Veinte fueron transitorios, entre ellos, pks6 y Rv2864c (síntesis de la pared celular), urvB(reparación del ADN), Rv2699c(supervivencia en microaerofilia). Solo 6 se fijaron en la población bacilar, incluidos 2 relacionados con resistencia:gyrA D94H que confiere resistencia a fluroquinolonas, cambiando el estatus de la cepa a pre-extremadamente resistente; y pncAThr177fs que confiere resistencia a pirazinamida. Los últimos 2 aislamientos presentaron un cambio en el marco de lectura en el gen Rv0678 (N47fs), mutación vinculada con bajos niveles de resistencia a bedaquilina.En 7/8 aislamientos la variabilidad fue baja (1-5 SNPs). Un solo aislamiento, obtenido luego de un abandono transitorio del tratamiento,presentó mayor diversidad(13 SNPs).