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Las enfermedades de Chagas y sífilis congénitas tienen gran impacto en poblaciones vulnerables. Para ambas infecciones no existen test diagnósticos que detecten el agente infeccioso al nacimiento o son de baja sensibilidad y no se cuentan con marcadores precoces de respuesta terapéutica.El diagnóstico se basa en métodos serológicos y se requieren largos períodos de seguimiento, para esperar la desaparición de los anticuerpos maternos con el riesgo de la pérdida del seguimiento y la oportunidad de un tratamiento en su momento de mayor eficacia. Las pruebas basadas en biología molecular pueden ser métodos útiles para un diagnóstico oportuno pero requieren validación para asegurar la calidad y seguridad el paciente.