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El objetivo de este trabajo fue contribuir al conocimiento cualitativo de las clorofitas y euglenofitas de la puna argentina. Estos ambientes se caracterizan por ser sistemas extremos, dinámicos y frágiles, esenciales para el funcionamiento de pequeñas cuencas hidrográficas altoandinas. Durante el verano de 2005 se efectuó un muestreo que abarcó veintiséis cuerpos lénticos en las provincias de Jujuy, Salta y Catamarca. Las muestras se obtuvieron por el concentrado de 25 litros de agua a través de una red de plancton de 20 µm de poro y fueron fijadas in situ con formaldehído 4%. Las determinaciones algales se realizaron en laboratorio bajo microscopio binocular con dispositivo para dibujo. Se reconocieron 28 taxones que pertenecieron 24 a Chlorophyta y 4 a Euglenophyta. El número más alto de especies fue ocho en Los Enamorados (Jujuy) y sin registro en el 26% de los cuerpos de agua muestreados. De acuerdo a los resultados, hubo un predominio de especies raras, la mayoría cosmopolitas y de medios salinos. De ahí que diecisiete de las veintiocho entidades determinadas, es decir el 60,7%, fueron encontradas en ambientes salinos. Chlamydomonas rubrifilum, Oedogonium sp. 1 y Stigeoclonium sp. 2 fueron halladas sólo en aguas hipersalinas, Chlamydomonas tremulans, Oedogonium sp. 3, Spirogyra sp. 1, Spirogyra sp. 2, Ulothrix pseudoflacca var. salina, Euglena ehrenbergii y Euglena proxima también estuvieron a salinidades menores. En el caso de Raciborskiella salina fue detectada en aguas tanto salinas como salinas-hipersalinas con conductividades de hasta 22500 µS/cm. Los taxones de algas verdes y euglénidos enunciados en esta publicación son nuevas citas para estos humedales debido a que no se contaba con antecedentes previos para estos grupos. Por otro lado, Ulothrix pseudoflacca var. salina es mencionada por primera vez para el Noroeste Argentino (NOA).