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En estudios proteomicos comúnmente se usa la tecnología de alto rendimiento de electroforésis bidimensional diferencial (2D-DIGE). Esta tecnología permite analizar la expresión relativa de proteínas en dos muestras biológicas marcadas con dos fluoróforos (Cy5 y Cy3) en un mismo gel. En general una tercer muestra, muestra referencia, es también incluida y marcada con el fluoróforo Cy2. Esta última se utiliza para realizar la superposición de manchas entre geles y para la normalización de los volúmenes de las mismas. La técnica usual de análisis para detectar proteínas que se expresan diferencialmente entre distintas condiciones experimentales es el ANOVA aplicado proteína a proteína. Sin embargo la aplicación de este modelo supone el cumplimiento de características distribucionales en los datos que no siempre ocurren. Uno de los supuestos que rara vez se cumple, en este tipo de experimentos, es el de la homogeneidad de la varianza. En este trabajo se muestra cómo, a través de la utilización de modelos lineales mixtos, es posible modelar explícitamente la heterogeneidad de varianzas en forma global (modelo de normalización), para luego a través del análisis de los residuos del modelo de normalización, proceder a la detección de las proteínas diferenciales en un análisis realizado proteína por proteína. La propuesta fue aplicada en el análisis de células de melanoma humano para el estudio de vías metabólicas asociadas a SPARC, proteína de matriz extracelular involucrada en remodelamiento de tejidos, angiogénesis y agresividad tumoral. La metodología aplicada permitió identificar proteínas, que por otros estudios se saben están asociadas a SPARC, en forma satisfactoria.

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