INVESTIGADORES
FERNANDEZ Elmer Andres
congresos y reuniones científicas
Título:
Control de calidad de microarreglos de ADN mediante descomposición ANOVA-PCA/PLS
Autor/es:
FRESNO, CRISTOBAL; GONZALEZ, GERMÁN; MERINO, GABRIELA; RODRIGUEZ, JUAN CRUZ; BALZARINI, MÓNICA; FERNÁNDEZ, ELMER ANDRÉS
Lugar:
Sgo. del estero
Reunión:
Congreso; XIX reunion científica del grupo argentino de biometria; 2014
Institución organizadora:
Grupo Argentino de Biometria
Resumen:
El control de calidad es una etapa fundamental para remover artefactos técnicos en datos de
expresión de genes obtenidos a través de microarreglos de ADN. Los abordajes
tradicionales sólo emplean estrategias univariadas, con el fin de comprobar el supuesto de
normalidad global de los genes, al igual que para obtener valores de expresión comparables
entre las diferentes muestras. No obstante, los anteriores presentan dos falencias: i) no
incluyen la información del diseño experimental en el control de calidad; ii) la exploración de
los genes se realiza de forma univariada. En este contexto, se presenta como alternativa
para el control de calidad, descomponer los valores observados de expresión utilizando la
información del diseño experimental a través de un análisis de la varianza (ANOVA). Luego,
la contribución de los diferentes factores puede ser analizada de forma multivariada
mediante dos técnicas de exploración como los son el Análisis de Componentes Principales
(PCA por sus siglas en inglés) y la regresión de Mínimos Cuadrados Parciales (PLS por sus
siglas en inglés). La estrategia propuesta ha sido aplicada con éxito sobre un experimento
de microarreglos de dos factores. Con ella se ha logrado detectar y remover artefactos no
considerados en el diseño experimental, que no pudieron ser detectados ni removidos por
los abordajes tradicionales.
