flowDiv: uma nova ferramenta para análise de diversidade citometrica

WANDERLEY, BRUNO M.S.; AMORIM DE ARAÚJO, D. S.; QUIROGA, MARÍA V.; AMADO, A.; DUARTE DORIA NETO, A.; SARMENTO, H.; UNREIN, F.

Rocha

Taller; 1er Taller de la Red colaborativa en Ecología Microbiana Acuática en América Latina (μSudAqua); 2017

As ciências aquáticas confrontam obstáculos bastante preeminentes quanto à incorporação de protocolos analíticos de citometria de fluxo (CMF) nativamente associados a contextos outros, como médicos ou industriais. Essa é uma particularidade essencialmente balizada pelo caráter altamente heterogêneo das amostras provindas de ambientes naturais. Tais amostras, por essência, constituem uma sorte de material que está condicionado, e inevitavelmente entrelaçado, às variações temporais e espaciais do meio - uma característica que agrega peculiar complexidade ao processo analítico de CMF. Uma evidente consequência dessa inata complexidade expressa-se pela dificuldade no ajuste de protocolos formais de análise, aptos a equilibrar a racionalidade matemática com a epistemologia biológica - dois atributos sine qua non para uma estratégia de análise válida, e potencialmente bem sucedida, em CMF. Embora diversas, uma linha de investigação particularmente promissora ao estudo e dados ambientais debruça-se sobre o desenvolvimento, adequação e avaliação de métodos dedicados à descrição quali-quantitativa das semelhanças entre citogramas ? um conceito definido como fingerprint citométrico ou diversidade citométrica. Essa é uma linha que, conquanto venha impulsionando notáveis esforços no tocante à implementação e avaliação crítica de novas metodologias, ainda é obstaculizada por discussões metodológicas de relevante importância logística, como: o melhor modelo para o tratamento de dados de ambientais, o significado biológico dos resultados e a estratégia de normalização dos diferentes bancos de dados disponíveis. Neste trabalho, propomos soluções para essas questões fundamentais através da implementação de uma pipeline intuitiva, baseada na linguagem R, totalmente dedicada à análise de dados de citometria de fluxo ambiental ? o flowDiv. Essa pipeline é composta por dezenove etapas de processamento e onze etapas de decisão orientada e está gratuitamente disponível em https://cran.r-project.org/package=flowDiv.