Análisis filogenético de posibles grupos bacterianos presentes en los nódulos radiculares de Lotus spp.

FIGUEROA GALVIS, INGRID PAOLA; ESTRELLA, MARIA JULIA; SANNAZZARO, ANALIA INÉS

Simposio; 30 Años Maestría en Ciencias Biotecnología; 2022

Las leguminosas son conocidas como plantas que mejoran el estatus nutricional en los suelos donde se las cultiva. Esta actividad benéfica se debe a la relación simbiótica con bacterias fijadoras de nitrógeno atmosférico, llamadas rizobios. Adicionalmente, estudios recientes demuestran la presencia de endófitos no rizobios (ENR) en el interior de los nódulos. Las técnicas de secuenciación masiva del gen 16S rRNA son ampliamente usadas para identificar comunidades bacterianas. No obstante, estas tecnologías tienen como limitante una menor precisión en la identificación de especies, dependiendo de la región seleccionada del gen marcador. El objetivo de este trabajo fue realizar un análisis filogenético de los simbiontes habituales y ENR previamente identificados en Lotus spp. mediante el análisis de secuencias del gen 16S rRNA usando las regiones V3-V4. Como hipótesis se planteó que esta región permite la identificación y diferenciación de los individuos que componen el grupo bacteriano que habita el interior del nódulo de Lotus spp., a pesar de la estrecha relación filogenética y funcional que puedan tener en este nicho específico. Se realizó una búsqueda de artículos científicos donde se reportaran los géneros de simbiontes canónicos y no canónicos habituales y los ENR en Lotus spp. y otras leguminosas. Se recopiló el número de accesión de la base de datos del NCBI y se descargaron las secuencias. Mediante el programa Hyperex se extrajo la región V3-V4 del gen 16S rRNA. Se alinearon las secuencias en el software MEGA, se calcularon las distancias genéticas con el modelo Kimura 2, seguido de la construcción del árbol filogenético por el método de Neighbor Joining y visualización en iTOL. El análisis filogenético de los simbiontes mostró que los diferentes géneros formaron clados bien definidos, especialmente Mesorhizobium (simbionte habitual de Lotus), Aminobacter y Phylobacterium. En tanto, los géneros Agrobacterium y Rhizobium no pudieron diferenciarse claramente. El análisis de los ENR (reportados en nódulos de esta y otras leguminosas) arrojó una clara diferenciación en clados separados para los géneros Pseudomonas, Herbaspirillum, Pantoea y Kosakonia; sin embargo, los géneros Rahnella y Serratia no pudieron diferenciarse entre sí, siendo esta una limitante encontrada para los futuros trabajos de identificación.