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El grupo Drosophila repleta es un arreglo de más de 100 especies cactófilas endémicas del ?Nuevo Mundo?. La adquisición de la capacidad de utilizar tejidos de cactus como sitio de cría y alimentación es una innovación clave que permitió la diversificación exitosa de este grupo en los desiertos americanos. Dentro del grupo repleta, el clúster Drosophila buzzatii es un clado sudamericano compuesto por siete especies cactófilas, estrechamente relacionadas, en diferentes etapas de divergencia, característica que las hace un sistema modelo valioso para investigaciones evolutivas. Sin embargo, aunque esfuerzos sustanciales han sido dedicados a la elucidación de las relaciones filogenéticas entre los miembros del clúster D. buzzatii, las hipótesis alcanzadas continúan siendo controvertidas. En efecto, estudios filogenéticos moleculares llevados a cabo hasta la actualidad han generado resultados ambiguos ya que la topología de los árboles filogenéticos depende directamente del marcador molecular utilizado. Curiosamente, incluso cuando el ADN mitocondrial se ha convertido en un marcador popular en biología evolutiva y genética poblacional, ninguno de los más de veinte mitogenomas ensamblados hasta el momento, dentro del género Drosophila, pertenece al clúster buzzatii. A partir de lo anterior, el objetivo de este trabajo es revisar las relaciones filogenéticas y los tiempos de divergencia de este clúster de especies por medio de un enfoque mitogenómico. En consecuencia, se presentan los ensamblados de seis mitogenomas completos de cinco especies: D. antonietae, D. borborema, D. buzzatii, D. seriema y dos cepas de D. koepferae. Los mismos fueron realizados utilizando como referencia el mitogenoma de D. mojavensis, especie más relacionada evolutivamente con un ensamblado disponible. Métodos filogenéticos de inferencia bayesiana y de máxima verosimilitud fueron aplicados sobre los mitogenomas completos. Se obtuvo una misma topología de alta confiabilidad que concuerda con reportes previos basados en pocos genes mitocondriales y/o nucleares, pero que contradice una filogenia nuclear a gran escala publicada recientemente. A partir del análisis de las posibles causas de esta controversia, este trabajo sugiere que los genomas nucleares y mitocondriales representan historias evolutivas diferentes para este grupo de especies.