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El grupo Drosophila repleta esun arreglo de más de 100 especies cactófilas endémicas del ?Nuevo Mundo?. La adquisición de la capacidad de utilizartejidos de cactus como sitio de cría y alimentación es una innovación clave quepermitió la diversificación exitosa de este grupo en los desiertos americanos.Dentro del grupo repleta, el clúster Drosophila buzzatii es unclado sudamericano compuesto por siete especies cactófilas, estrechamenterelacionadas, en diferentes etapas de divergencia, característica que las haceun sistema modelo valioso para investigaciones evolutivas. Sin embargo, aunqueesfuerzos sustanciales han sido dedicados a la elucidación de las relacionesfilogenéticas entre los miembros del clúster D. buzzatii, las hipótesisalcanzadas continúan siendocontrovertidas. En efecto, estudios filogenéticos moleculares llevados a cabohasta la actualidad han generado resultados ambiguos ya que la topología de losárboles filogenéticos depende directamente del marcador molecular utilizado.Curiosamente, incluso cuando el ADN mitocondrial se ha convertido en unmarcador popular en biología evolutiva y genética poblacional, ninguno de losmás de veinte mitogenomas ensamblados hasta el momento, dentro del género Drosophila,pertenece al clúster buzzatii. Apartir de lo anterior, el objetivo de este trabajo es revisar las relacionesfilogenéticas y los tiempos de divergencia de este clúster de especies pormedio de un enfoque mitogenómico. En consecuencia, se presentan los ensambladosde seis mitogenomas completos de cinco especies: D. antonietae, D.borborema, D. buzzatii, D. seriema y dos cepas de D.koepferae. Los mismos fueron realizados utilizando como referencia elmitogenoma de D. mojavensis, especie más relacionada evolutivamente conun ensamblado disponible. Métodos filogenéticos de inferencia bayesiana yde máxima verosimilitud fueron aplicados sobre los mitogenomas completos. Seobtuvo una misma topología de alta confiabilidad que concuerda con reportesprevios basados en pocos genes mitocondriales y/o nucleares, pero quecontradice una filogenia nuclear a gran escala publicada recientemente. Apartir del análisis de las posibles causas de esta controversia, este trabajosugiere que los genomas nucleares y mitocondriales representan historiasevolutivas diferentes para este grupo de especies.