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Aedes aegypti constituye uno de los principales vectores de Arbovirus en Argentina. El objetivo fue analizar la variabilidad genómica de ejemplares colectados en áreas ambientalmente heterogéneas de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires (CABA) para estudiar la dinámica poblacional y la dispersión de la especie. Se colectaron huevos y estadios inmaduros durante 2017-2018 en 4 áreas: dos áreas con mayor cobertura vegetal y menor urbanización, Ciudad Universitaria (19 ejemplares de 6 sitios) y Cementerios (39 ejemplares de 7 sitios), y 2 áreas urbanas con transectas originadas en el barrio Parque Chas y dirigidas hacia el sur (21 ejemplares de 7 sitios) y el oeste (13 ejemplares de 5 sitios) de CABA. Se construyeron bibliotecas genómicas con el ADN de 92 individuos mediante ddRADseq posteriormente secuenciadas por Illumina. Para el análisis bioinformático se utilizaron los programas Stacks, plink, Adegenet (sobre 13561 loci), Structure (7608 loci) y Spagedi (1925 loci). Los resultados obtenidos mostraron estructuración genético-poblacional en Ae. aegypti de CABA. La misma no presentó una asociación directa con el grado de urbanización aunque sí con la disponibilidad de recursos. Los ejemplares de Ciudad Universitaria, un área con parches de urbanización, mostraron el mayor grado de estructuración poblacional (5 grupos por Structure y 6 por Adegenet), evidenciando una relación casi directa entre grupos genéticos y sitios de muestreo. Por el contrario, Cementerios, un área con baja urbanización pero disponibilidad continua de potenciales criaderos, presentó una mayor homogeneidad genética (3 grupos). Las áreas urbanas mostraron la existencia de estructuración poblacional, con entre 3 (Adegenet) y 5 (Structure) grupos genéticos en la transecta sur y entre 4 (Structure) y 5 (Adegenet) grupos en la transecta oeste. En las 4 áreas el aislamiento por distancia fue significativo. A mayores distancias, los resultados sugieren la influencia del transporte pasivo humano de huevos o estadios inmaduros sobre la estructuración poblacional de la especie. A menor escala, la heterogeneidad ambiental juega un rol determinante, junto con la distancia, en la capacidad de dispersión activa. Mientras que en Ciudad Universitaria no se detectaron mosquitos emparentados en distintos criaderos, en Cementerios se hallaron medio-hermanos/as en criaderos separados 140 y 580 m. En un ambiente de escasa urbanización pero con recursos de oviposición continuos, Ae. aegypti podría desplazarse más de 500 m. Estos resultados muestran la relevancia de la heterogeneidad ambiental urbana en la dinámica poblacional y la dispersión de Ae. aegypti aportando elementos para lograr estrategias de control más eficientes.