Filogenómica: ¿concatenar o no concatenar?

FRANCISCA CUNHA ALMEIDA; ESTEBÁN HASSON; JUAN P. HURTADO

Congreso; XIII Reunión Argentina de Cladística y Biogeografía; 2019

Fundación Miguel Lillo

En los últimos años, la disponibilidad de datos genómicos se ha incrementado enormemente, permitiendo análisis filogenéticos a partir de esta fuente de datos. Sin embargo, la gran cantidad de caracteres que proporcionan los datos genómicos con-llevan nuevos desafíos metodológicos. Aquí presentamos, a modo de ejemplo, el aná-lisis filogenómico de moscas del cluster Drosophila buzzatii (grupo repleta). El cluster buzzatii, que incluye siete especies cactofílicas, endémicas de Sudamérica, constituye un importante modelo para estudios evolutivos. Por este motivo, tener una robusta hipótesis filogenética para el grupo es de gran interés científico. Previamente, sus relaciones fueron estudiadas utilizando secuencias de uno o pocos loci y datos citoló-gicos, pero las inconsistencias encontradas entre marcadores no permitieron alcanzar una conclusión. En este trabajo utilizamos secuencias obtenidas de la secuenciación del transcriptoma de cuatro especies del cluster buzzatii más un outgroup. Después de identificar ortólogos, aplicamos una serie de filtros para seleccionar secuencias variables, quedándonos al final con 663 alineamientos (361 CDS, 182 3? UTR y 120 5? UTR). A partir de estos datos hicimos dos tipos de análisis. En el primero conca-tenamos todos los alineamientos en una única matriz con más de 800000 caracteres que analizamos usando distintos algoritmos. En el segundo utilizamos un enfoque «gene tree vs. species tree», que según algunos autores es más fiable en casos donde hay separación incompleta de linajes, lo que es muy común en especies cercanas como las del cluster buzzatii. Curiosamente, las relaciones internas al cluster que recuperamos en cada enfoque resultaron significativamente diferentes.