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Conocer el aporte que realizan los cuerpos de agua continentales al balance global del carbono ha cobrado mucha trascendencia en las últimas décadas. En este sentido, la cuantificación de las emisiones de los gases de efecto invernadero (GEI) resulta fundamental para conocer la dinámica del carbono de estos sistemas. La región pampeana presenta un gran número de lagunas permanentes que se encuentran en distintos regímenes de equilibrio, constituyendo un escenario ideal para analizar la variación en las emisiones de GEI acorde a las características de las mismas. En este trabajo se midieron las concentraciones de GEI(CO2 y CH4) disueltas en el agua y sus tasas de intercambio con la atmósfera en lagunas ubicadas en distintas zonas de la región pampeana: Carpincho, Gómez, Mar Chiquita, Salada Monasterio, Kakel Huincul, Nahuel Rucá. En cada una se seleccionaron 2 sitios de muestreo diferentes. Además, se caracterizó limnologicamente cada laguna, analizando sus variables físicas, químicas y sus comunidades fitoplanctónicas. Kakel Huincul presentó características de una laguna clara vegetada, las demásse encontraron en un gradiente de turbidez debida a su abundancia fitoplanctónica. Nuestros resultados demuestran que las aguas de las lagunas estaban sistematicamente super-saturadas enCO2y CH4 con respecto a la atmósfera, y por tanto emitían ambos GEI, excepto un sitio de Gómez y uno de Kakel Huincul, donde el intercambio de CO2fue inverso. La presión parcial de CO2 en el agua (pCO2) en las lagunas correlacionó positivamente con la temperatura del agua, turbidez y clorofila a; y negativamente con pH, profundidad de Secchi y oxígeno disuelto. La regulación del CH4 en las lagunas es claramente diferente a la del CO2, y no se encontraron correlaciones significativas entre la pCH4con estas variables. Estos resultados muestran que las lagunas pampeanas tienen el potencial de ser una fuente regional importante de GEI.