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Los humedales de las llanuras de inundación de los grandes ríos se destacan mundialmente por albergar una gran biodiversidad como consecuencia de la heterogeneidad espacial y temporal asociadas al régimen hidrológico fluvial. Sin embargo, la regulación de los ríos (ej. canalización, construcción de represas y diques) bloqueó el efecto natural del régimen hidrológico en la mayoría de los humedales aluviales. En este estudio comparamos la diversidad taxonómica y funcional del fito y zooplancton y la heterogeneidad ambiental en humedales aluviales semi-naturales y regulados (con y sin influencia del régimen hidrológico, respectivamente) del Río Danubio (Austria). Abarcamos dos escalas espaciales 1: habitats (con distinta vegetación), 2: distintos cuerpos de agua, y dos condiciones hidrológicas contrastantes (aguas altas y aguas bajas). En ambas condiciones hidrológicas la heterogeneidad ambiental fue mayor en los humedales semi-naturales, en los cuales ésta fue mayor entre cuerpos de agua que entre hábitas. La α diversidad taxonómica y funcional mostró patrones diferentes entre los grupos estudiados y entre condiciones hidrológicas. La diversidad β del fitoplancton y los rotíferos fue mayor en los humedales semi-naturales en aguas altas y similar entre todos los humedales en aguas bajas. La diversidad β fue mayor entre cuerpos de agua que entre hábitas sólo en los humedales semi-naturales en aguas bajas. La diversidad β de los microcrustáceos fue similar entre los humedales en ambas condiciones y en ambas escalas espaciales. La α diversidad funcional fue similar entre los humedales en ambas condiciones hidrológicas. La β diversidad funcional fue en general mayor en humedales semi-naturales en condiciones inundación. Nuestros resultados indican que la interrupción de la dinámica hidrológica natural está asociada a una disminución de la heterogeneidad ambiental y de la β diversidad del fito y zooplancton en los humedales aluviales adyacentes.