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El objetivo del estudio es evaluar la regulación de los factores ambientales en la distribución vertical de los grupos dominantes del fitoplancton que forman floraciones en el Embalse de Salto Grande. Para esto se analizaron las muestras correspondientes a tres profundidades en cuatro sitios elegidos del embalse (dos en la zona central y dos en los brazos cercanos a la presa). El estudio se efectuó con una frecuencia mensual, de mediados de invierno (Julio 2012) a fin de primavera del 2013 (Diciembre). En cada sitio se extrajeron tres muestras a diferentes profundidades: nivel sub-superficial (0,2 m), límite inferior de la capa fótica (2,5 a 3 m) y fondo. En los mismos sitios se midieron perfiles in situ de temperatura, pH, conductividad y oxígeno disuelto utilizando sensores electrónicos portátiles y la transparencia con disco de Secchi. Los recuentos del fitoplancton se realizaron de acuerdo a Utermöhl (1958). Se midieron las concentraciones de clorofila a, sólidos suspendidos y nutrientes (nitrógeno total, amonio, nitrito, nitrato, fósforo total y fósforo soluble). La microcistina se analizó en 2 sitios (brazos) durante 16 meses, por HPLC con detector de arreglo de diodo. Se realizaron mediciones sistemáticas de parámetros hidrológicos y meteorológicos con una frecuencia diaria a quincenal, registrando la cota y la descarga, la intensidad y la dirección de los vientos y las precipitaciones. Los resultados indican que las variaciones temporales de las condiciones físicas imperantes en el embalse, consecuencia de la estacionalidad, meteorología y la hidrología, tienen mayor importancia que las diferencias espaciales. El análisis de correspondencia canónica realizado con la abundancia de los complejos Microcystis spp., Dolichospermum spp. y Ceratium furcoides refleja la importancia del viento en el desarrollo de las floraciones de Cyanobacteria. Esto se hace especialmente evidente para Microcystis spp. que desarrolla floraciones más densas en períodos donde la intensidad de los vientos disminuye. Dolichospermum spp evidencia mayores abundancias que Microcystis spp. en períodos de menor nivel hídrico. El viento no afectaría al crecimiento de las poblaciones de C. furcoides, ya que parecen ser más tolerantes a columnas de agua mezcladas y turbias (>SS550). Por otro lado, las altas temperaturas promueven más el desarrollo de los complejos de Cyanobacteria en comparación a los dinoflagelados. Al incorporar los nutrientes en un análisis de redundancia acotado a un sitio de muestreo se observa su importancia en el ordenamiento y diferenciación de las muestras de fondo y superficie. Las distintas fracciones del nitrógeno adquieren importancia en el desarrollo de los complejos de Cyanobacteria, asociando el NH4 a Dolichospermum spp.