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Se llevó a cabo una caracterización limnológica y un análisis de las comunidades planctónicas microbianas en cuerpos de agua de Tierra del Fuego. Se realizaron tres muestreos (2008, 2010, 2012), cubriendo distintas estaciones del año. Se seleccionaron 11 cuerpos de agua de características contrastantes: lagos profundos glaciarios, lagunas húmicas, lagunas de meseta y diques de castores. Se midieron variables físico-químicas in situ y se determinó la concentración de nutrientes biodisponibles, carbono orgánico disuelto (DOC) y concentración de clorofila-a. Se analizaron las distintas fracciones del fitoplancton y otros componentes de la trama microbiana. Se observaron importantes diferencias limnológicas entre los distintos cuerpos de agua. El pH varió entre 6,01 y 8,98 (lagunas húmicas y de meseta respectivamente). La conductividad fue baja en lagos oligotróficos y lagunas húmicas (mínimo 34,9 µS cm-1) y extrema en una laguna de meseta cercana al mar (25800 µS cm-1). Los lagos de meseta presentaron valores más altos de fosfatos (media 0, 28 mg L-1). Los diques de castores mostraron las concentraciones más elevadas de clorofila-a (media 10,96 µg L-1), y los lagos profundos y lagunas húmicas, las más bajas. Los mayores valores de DOC se registraron en lagunas húmicas y meso-eutróficas (media 17,45 mg L-1), y los menores en lagos oligotróficos (media 7,17 mg L-1). En lo que respecta a las variaciones estacionales, en general se observó que la actividad biológica afectó los valores de pH y oxígeno en lagunas someras, mientras que la temperatura fue más importante en lagos profundos. La biomasa fitoplanctónica varió entre 0,31 mg L-1 (lago Escondido) y 45,41 mg L-1 (dique castores), con los menores valores en lagos profundos. El picoplancton autotrófico estuvo en el rango 2,1 x 104 y 8,07 x105 cél.ml-1, dominado por picocianobacterias. En lagos oligotróficos y lagunas húmicas se observó una gran proporción de especies fitoplanctónicas mixotróficas.