Identificación de secuencias de HIV-1 hipermutadas por APOBEC3 en pacientes pediátricos infectados perinatalmente

DE MAIO, FEDERICO ANDRÉS; AULICINO, PAULA; ROCCO, CARLOS; MANGANO, ANDREA; SEN, LUISA

Salta, Salta

Congreso; II Congreso Nacional de SIDA (CNS); 2009

Sociedad Argentina Interdisciplinaria de SIDA (SAI SIDA)

Objetivo: APOBEC3G y APOBEC3F son proteínas con actividad citidina deaminasa que tienen la capacidad de editar los genomas de HIV-1 durante el proceso de retrotranscripción. Como resultado se producen genomas provirales hipermutados, los cuales presentan numerosos cambios GxA en la hebra codificante y tendrían afectada su capacidad replicativa. La finalidad del presente estudio fue evaluar en pacientes pediátricos la presencia de hipermutaciones en el provirus consenso, aplicando diferentes criterios para la identificación de secuencias editadas por APOBEC3G/F. Materiales y métodos: Se emplearon muestras de células mononucleares de sangre periférica de 69 pacientes pediátricos infectados por transmisión perinatal para amplificar por nested-PCR la región proviral vpu-5`env (530nt), procediéndose luego a la secuenciación directa del producto. Para la identificación de secuencias hipermutadas se aplicaron diferentes criterios: i) Proporción de adenina, ii) Presencia de mutaciones letales en genes estudiados (pérdida de START, aparición de STOPs prematuros), iii) Ramas de largo extremo en árbol filogenético (debido a numerosas sustituciones GxA) y empleo de dos distintos softwares: iv) HYPERMUT 2.0 y v) PSRatio. Resultados: La media de la proporción de adenina fue de 0.367, con un desvío estándar de 0.007. Sólo una secuencia, MBARF823 (DQ767703), mostró un valor elevado de 0.389 (por encima de media + 2 desvíos estándar). Esta misma secuencia se destacó del resto por presentar dos STOPs prematuros en el segmento estudiado de Env, aunque no presentó mutaciones letales en Vpu. La construcción de un árbol filogenético no reveló ninguna secuencia ubicada en una rama de largo extremo. El análisis con HYPERMUT 2.0 indicó sólo MBARF823 como una secuencia hipermutada, con cambios GxA en el contexto nucleotídico preferencial de APOBEC3G pero no en el de APOBEC3F. Finalmente, el análisis con PSRatio coincidió en mostrar a esta misma secuencia como la única afectada por numerosos cambios GxA en los contextos nucleotídicos APOBEC3G/F. Conclusiones: Secuencias provirales hipermutadas pueden ser observadas por la estrategia de secuenciación directa en pacientes de nuestra población pediátrica. En el presente estudio, sólo una secuencia de un total de 69 pudo ser identificada como hipermutada mediante la aplicación de cinco diferentes criterios. MBARF823 muestra un grado de hipermutación moderado, atribuible a la edición por APOBEC3G.