Edición mediada por APOBEC3 en provirus de HIV-1 y divergencia filogenética

DE MAIO, FEDERICO ANDRÉS; ROCCO, CARLOS; AULICINO, PAULA; MANGANO, ANDREA; SEN, LUISA

Buenos Aires

Congreso; X Congreso Argentino de Virología; 2011

Sociedad Argentina de Virología

Introducción: Las proteínas APOBEC3 son factores celulares de restricción capaces de inhibir la replicación de HIV-1. Se trata de citidina deaminasas que introducen cambios G->A en la hebra (+) del ADN viral en etapas previas a la integración. Tales cambios se dan sobre contextos nucleotídicos GG->AG y GA->AA, con probabilidad variable a lo largo del genoma de HIV-l. Este proceso de edición puede ocasionar provirus dañados por mutagénesis letal (hipermutación) y carentes de potencial replicativo. Sin embargo, ocurren también eventos de edición subletal que podrían impactar sobre la evolución del virus. El producto del gen vif de HIV-1 desempeña un rol clave al contrarrestar la acción APOBEC3, aunque variaciones en su funcionalidad modificarían la susceptibilidad del virus a la edición. Objetivo: Evaluar si la actividad APOBEC3 puede afectar la dinámica evolutiva de HIV-1. Metodología: Se estudiaron 93 niños infectados perinatalmente por HIV-1, empleando muestras de sangre periférica obtenidas dentro del primer año de vida. A partir de células mononucleares totales se amplificaron por PCR anidada y secuenciaron en forma directa dos segmentos de HIV-1: 312 pb del gen pol y el gen vif completo (579 pb). El análisis se restringió a 66 casos en los que ambos segmentos fueron de subtipo F1. Para estimar la actividad APOBEC3 sobre provirus se empleó el segmento de pol, que abarca tanto una zona de máxima probabilidad (201 pb) como una de mínima probabilidad (111 pb) para la edición. Se calculó en cada caso la razón de chances (#AG+#AA):(#GG+#GA) / (#AC+#AT):(#GC+#GT) para el máximo y se la relativizó a la calculada para el mínimo. La razón de chances planteada estima la razón A/G dentro de los contextos de edición, corregida por la razón A/G fuera de los mismos. La relativización máximo/mínimo aumentaría la especificidad, ajustando la señal de edición atribuible con mayor certeza a la actividad APOBEC3 por una señal que podría considerarse basal o espuria. Los conjuntos de secuencias del segmento de pol y de vif se emplearon para la construcción de árboles filogenéticos (neighbor-joining), como también para el cálculo de distancias genéticas entre cada secuencia particular y el consenso de los 66 casos. Las asociaciones estadísticas se evaluaron por la prueba de correlación de Spearman. Resultados: Los valores de edición obtenidos no se apartaron de una distribución normal. Tanto para el segmento de pol como para vif se obtuvieron árboles mostrando una correspondencia inversa entre largo de ramas y nivel de edición. No se observó que secuencias correspondientes a ediciones similares agrupen filogenéticamente, descartándose un efecto de linaje como confundente. Se analizó la relación entre los valores de edición y las distancias genéticas, encontrándose para ambos grupos de secuencias correlaciones negativas (segmento pol, p = 0.0360; vif, p = 0.0466). Conclusiones: Los resultados sugieren la existencia de una interacción entre el nivel de edición y la divergencia filogenética de HIV-1 en pacientes pediátricos. La actividad APOBEC3 en nivel subletal podría afectar negativamente el ritmo de replicación del virus impactando así sobre la tasa evolutiva.