Pesquisa de mutaciones pequeñas en el gen DMD: importancia del factor humano a la hora de analizar resultados de secuenciación masiva en paralelo

MAZZANTI, CHIARA; LEONELA LUCE; CARCIONE, MICAELA; FLORENCIA GILIBERTO,

CABA

Congreso; 73 Congreso Argentino de Bioquímica de la Asociación Bioquímica Argentina; 2019

Asociación Médica Argentina (ABA)

Introducción: Las Distrofinopatías son enfermedades neuromusculares de herencia recesiva ligada al cromosoma X causadas por mutaciones en el gen DMD. Las alteraciones moleculares en este gen son grandes deleciones/duplicaciones en el 80% de los casos, identificadas por MLPA, y mutaciones pequeñas en el 20% restante, detectadas por secuenciación de exoma completo (WES). El uso de técnicas de secuenciación masiva en paralelo (NGS) permite la obtención de un gran caudal de datos que son analizados por softwares bioinformáticos, pero este análisis puede conllevar a errores en la nomenclatura de las variantes encontradas. Por ello, es importante utilizar herramientas que permitan analizar los datos crudos. A su vez, es de suma importancia validar las variantes encontradas mediante una técnica diferente. Objetivos: El presente trabajo busca brindar las herramientas necesarias para el análisis de los datos crudos de la secuenciación masiva en paralelo y su validación. Materiales y métodos: Se analizó por la técnica de secuenciación de exoma completo (WES) una cohorte de 106 pacientes con diagnóstico clínico presuntivo de distrofinopatía y resultados negativos de MLPA. También se empleó la técnica de secuenciación de Sanger para corroborar las variantes encontradas por WES. Resultados: Se logró encontrar la variante patogénica causante de la patología en el 81,1% de la cohorte analizada. En un 10,4% de los pacientes se encontraron alteraciones moleculares en distintos genes causantes de otras distrofias musculares. Entre la población estudiada se destacan 2 pacientes con variantes nomencladas por el software bioinformático que no se correspondían con las observadas al analizar los datos crudos mediante el software Integrative Genomics Viewer (IGV). Para uno de estos pacientes, se encontró un complejo rearreglo y para corroborarlo se diseñaron primers específicos para la misma. Finalmente, al corroborar las variantes por Sanger se logró nomenclar de manera correcta a las mismas. Conclusiones: El presente trabajo busca destacar la importancia de analizar los datos crudos obtenidos mediante técnicas de secuenciación masiva en paralelo para detectar posibles errores realizados por los softwares anotadores de variantes.