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Sequence duplication is nowadays recognized as an important mechanism that underlies the evolution of eukaryote genomes, being indeed one of the most powerful strategies for the generation of adaptive diversity by modulating transcriptional activity. The evolutionary novelties simultaneously associated with sequence duplication and differential gene expression can be collectively referred to as duplication-mediated transcriptional regulation. In the last years, evidence has emerged supporting the idea that sequence duplication and functionalization represent important evolutionary strategies acting at the genome level, and both coding and non-coding sequences have been found to be targets of such events. Moreover, it has been proposed that deleterious effects of sequence duplication might be potentially silenced by endogenous cell machinery (i.e., RNA interference, epigenetic repressive marks, etc). Along these lines, our aim is to highlight the role of sequence duplication on transcriptional activity and the importance of both in genome evolution.La duplicación de secuencias se reconoce hoy en día como un mecanismo importante que subyace en la evolución de los genomas eucariotas, siendo de hecho una de las estrategias más poderosas para la generación de diversidad adaptativa mediante la modulación de la actividad transcripcional. Las novedades evolutivas asociadas simultáneamente con la duplicación de secuencias y la expresión diferencial de genes pueden denominarse colectivamente regulación transcripcional mediada por duplicación. En los últimos años, ha surgido evidencia que respalda la idea de que la duplicación de secuencias y la funcionalización representan estrategias evolutivas importantes que actúan a nivel del genoma, y se ha descubierto que tanto las secuencias codificantes como las no codificantes son objetivos de tales eventos. Además, se ha propuesto que los efectos nocivos de la duplicación de secuencias podrían ser potencialmente silenciados por la maquinaria celular endógena (es decir, interferencia de ARN, marcas epigenéticas represivas, etc.). En este sentido, nuestro objetivo es resaltar el papel de la duplicación de secuencias en la actividad transcripcional y la importancia de ambos en la evolución del genoma.