Topología de la cromatina durante la diferenciación del endometrio

ANT, LUCIANA; ERRAMOUSPE, JULIETA; LE DILY, FRANCOIS; BEATO, MIGUEL; SARAGÜETA, PATRICIA

San Martín

Simposio; Primera Jornada Itinerante de Epigenética; 2022

UNSAM

La decidualización comprende un proceso de transdiferenciación en el cual las células estromales delendometrio adquieren un fenotipo secretor, crucial para el mantenimiento del embarazo si laimplantación del embrión ocurriera. Este evento se encuentra controlado por las hormonas esteroideas ováricas progesterona (P4) y estradiol (E2), a través de sus respectivos receptores (PR y ER), que funcionan como factores de transcripción. Por otro lado, la organización de la cromatina puede jugar un rol clave en la regulación de la expresión génica, por ejemplo creando agregaciones de genes regulados por el mismo factor de transcripción, ayudando a una respuesta concertada, o bien aislando un promotor de su enhancer, para regular negativamente su expresión. Con el advenimiento de la técnica de High throughput Chromosome Conformation Capture (Hi-C), se ha podido analizar la organización cromatínica de todo el genoma simultáneamente, a través de la cuantificación de las interacciones entre los distintos loci. Los mapas de frecuencias que resultan de este análisis determinan dominios de asociación formados por interacciones de corto alcance entre regiones contiguas. El proceso de decidualización conlleva una remodelación radical de la cromatina, así como un cambio en el perfil de expresión génica. Nuestro objetivo en este trabajo fue explorar, a partir de análisis de Hi-C y RNA-seq, la dinámica de estos cambios, qué regiones y/o genes podrían ser clave en el disparo de la transdiferenciación, y de qué manera la conformación de la cromatina y la expresión génica se relacionan. La decidualización fue inducida en la línea celular t-HESC mediante el tratamiento con cAMP, E2 y P4 o la progestina sintética R5020. Los ensayos de Hi-C y RNA-seq se realizaron a tiempo 0, 1hora, 3 y 6 días luego del estímulo o el vehículo. El análisis de la compartimentalización a nivel global se obtuvo mediante PCA de las matrices de correlación de Pearson de los perfiles de contactos, y mostró una remodelación de los compartimentos abiertos (A) y cerrados (B), siendo más frecuente el pasaje de B a A a los 3 días, y de A a B a los 6 días de tratamiento. Por otra parte, encontramos una correlación positiva (p-valor < 0.01) entre los cambios en la compartimentalización y los cambios de expresión génica. De los 96 genes diferencialmente regulados a la hora, 32 presentaron cambios de compartimentalización a los 3 días, y 26 se regulan transitoriamente, pudiendo actuar como genes disparadores. Por ejemplo, KLF4 se encuentra en ambos grupos, actuando como un gen disparador y modificando su compartimentalización a los 3 días. Por otro lado, NFKBIA, un inhibidor de NFKB, presenta cambios en su compartimentalización, y su expresión continúa aumentando a los 3 días. Estos resultados nos sugieren que hay zonas de interacción que modifican su conectividad posteriormente a la regulación génica característica del fenotipo decidual establecido.