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Actualmente la biología de la conservación intenta diseñar las áreas protegidas siguiendo una serie de criterios (representatividad, redundancia, complementariedad, singularidad, conectividad) que pretenden maximizar su funcionalidad y viabilidad a largo plazo. En este trabajo hemos estudiado diferentes atributos de la matriz vegetal (riqueza de especies, densidad y área basal) y del ensamble de mamíferos medianos y grandes (riqueza de especies e intensidad de uso de especies) en un sector transicional yungas-chaco a fin de diseñar un sistema de áreas protegidas privadas. Entre agosto de 2008 y junio de 2009, realizamos 9 campañas. Utilizamos 50 parcelas (de 200 m2 para los árboles y 100 m2 para los arbustos y renovales) distribuidas al azar en el área de estudio para el muestreo de la vegetación, y 24 transectas de 20 trampas de huellas cada una para el muestreo de los mamíferos. Identificamos tres unidades de vegetación (selva pedemontana, bosque de transición y bosque chaqueño) que difirieron en su composición florística y densidad de las especies leñosas, y presentaron exclusividades tanto de plantas como de mamíferos. Registramos un total de 20 especies de mamíferos silvestres, varias de ellas amenazadas (Tapirus terrestris, Myrmecophaga tridactyla, Procyon cancrivorus, entre otras) y más de 200 especies vegetales. La riqueza de especies, el grado de amenaza de las mismas, las exclusividades respecto a las especies presentes en las áreas protegidas aledañas, y la representatividad de las diferentes unidades de vegetación, fueron claves para la elaboración de diseño alternativos de las áreas a conservar y el sistema como un todo, que luego fueron analizadas en función de las amenazas y la conectividad (ya no entre ellas) sino con otras áreas protegidas existentes. La información generada, provee además la base para una futura zonificación y el plan de manejo del sistema de áreas protegidas en su conjunto.