Caracterización de las regiones vpu, env y nef en individuos infectados con poblaciones heterogéneas de recombinantes BFs

C. ESPADA ; F.L. MELO; D. PUGLIESE; J. BENETUCCI; P. ZANOTTO; L.MARTÍNEZ PERALTA; M.G. CAROBENE.

Buenos Aires

Congreso; X Congreso Argentino de Virología; 2011

Sociedad Argentina de Virología, Asociación Argentina de Microbiología

Actualmente, más del 20% de los aislamientos virales secuenciados en el mundo son recombinantes intersubtipos, lo que indica que la pandemia del HIV-1 está evolucionando hacia una complejidad genómica mayor. En un trabajo previo, describimos la dinámica in vivo de dos regiones funcionalmente relacionadas, gag y pol, en individuos infectados con poblaciones heterogéneas de recombinantes BF, donde se observó un recambio en la composición de las poblaciones virales en muestras secuenciales. El objetivo del presente trabajo fue caracterizar la región genómica comprendida entre vpu y 3? LTR de las poblaciones virales de estos individuos. Se obtuvieron consentimientos informados y muestras secuenciales de sangre (M1 y M2) de individuos HIV+ con conductas de alto riesgo para la infección, provenientes de Buenos Aires. Se amplificó un fragmento de 3.7 kb que abarcó desde la región de vpu hasta 3? LTR. El amplicón se secuenció directamente y las secuencias obtenidas fueron editadas con el programa CodonCode Aligner (CodonCode Corporation, 2009). Los patrones de recombinación se analizaron mediante los programas jpHMM y NCBI Genotyping tool. El análisis filogenético se realizó mediante Neighbor-joining (MEGA 4.1). Se analizaron muestras de 5 individuos infectados con recombinantes BF (I1- I5) y 2 individuos infectados con subtipo B (I6, I7). Las secuencias del segmento vpu- 3?LTR de I2- I5 presentaron un patrón de recombinación semejante a CRF12 BF. Por el contrario, en el segmento vpu- 3?LTR de I1 correspondió mayoritariamente a subtipo B [5903-8649 ± 22, según HXB2, (vpu y env, respectivamente)], y a partir del breakpoint, (8649 ± 22) a subtipo F1. Puesto que en las CRFs 28 y 29 circulantes en Brasil este segmento corresponde a subtipo B, el análisis filogenético incluyó secuencias de referencias argentinas y brasileras. Sin embargo, las secuencias de I1M1 y M2 agruparon con referencias argentinas (boostrap > 60%). No se observaron cambios significativos en las secuencias entre M1 y M2 de las poblaciones virales de todos los individuos. El presente trabajo caracterizó la región genómica comprendida entre vpu y 3?LTR, en individuos infectados con poblaciones heterogéneas de recombinantes BFs. El patrón de recombinación más frecuente fue el semejante a CRF12, en la cual ésta región corresponde principalmente a subtipo F. Asimismo, se caracterizó una URF en la que la región analizada correspondió mayoritariamente a subtipo B. Nuestros resultados muestran que, aunque previamente se había observado un recambio en la composición de la población viral en gag en los individuos estudiados, la región vpu- 3? LTR permaneció invariable. Este escenario plantea nuevas interrogantes que requieren la ampliación del análisis en términos de comportamiento biológico de estas variantes virales y que permita comprender las consecuencias in vivo del fenómeno de recombinación intersubtipo.