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Esta tecnología permite la determinación de niveles de expresión de todos los genes presentes en unamuestra biológica, para una condición experimental. El ensayo cuantifica la expresión de los genes enforma relativa a una muestra de referencia.El ensayo involucra la amplificación, marcación, hibridización y escaneo de una muestra de ARN totalcorrespondiente a una condición biológica y una referencia. El ARN de la muestra es amplificado a ARNcopia (cARN) por la T7 ARN polimerasa. En el mismo proceso, el cARN es marcado con un colorantefluorescente (Cy5) al realizarse la incorporación de un nucleótido CTP marcado con Cy5. En paralelo serealiza el mismo procedimiento con un ARN de referencia al cual se lo marca con CTP-Cy3. Lareferencia puede ser provista por el cliente o puede usarse una referencia comercial, si es que hay unaapropiada disponible. Luego de la marcación, se mezclan cantidades equimolares del cARN-Cy5 de lamuestra y el cARN-Cy3 de la referencia, y se ponen a hibridizar sobre un vidrio que contiene sondas deoligonucleótidos con la secuencia complementaria a los distintos cARN que serán evaluados. Cadasonda, ubicada en una posición específica del microarreglo, es capaz de pegar una única secuencia decARN. Una vez terminado el proceso de hibridización, el microarreglo es escaneado por un escáner quepuede leer tanto el Cy5 como el Cy3, en forma sucesiva. De esta manera se obtiene un valor deintensidad de Cy5 y uno de Cy3 para cada sonda del microarreglo, que darán información sobre losniveles de expresión de cada uno de los genes evaluados en la muestra y en la referencia,respectivamente. Luego de un proceso de normalización intra e interarreglo, se obtiene un archivo quecontiene las relaciones de expresión de cada ARNm presente en la muestra original respecto a lareferencia, con valores de calidad y p de significación asociados.

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