Más Allá de la Biopsia Sólida: Caracterización de Variantes Tumorales en Cáncer Rectal por Secuenciación Dirigida de ADN Circulante

SENDOYA, JUAN M.; GOLUBICKI, MARIANO; ROTONDARO, CECILIA; MURUA, YANINA A.; CORAGLIO, MARIANA; GUALDRINI UBALDO; ISEAS, SOLEDAD; CABANNE ANA; KUJARUK MIRTA; MIKOLAITIS VANESA; RIZZOLO MARIANA; SALANOVA RUBEN; IRMAS STELLA; ROCA ENRIQUE; PODHAJCER OSVALDO; LLERA ANDREA

Simposio; Simposio Internacional Programa RAICES - Red de Científicos Argentinos en el Noreste de EEUU ?Ganando la guerra contra el cáncer?.; 2016

Las tecnologías de secuenciación de próxima generación (NGS) han permitido acelerar los tiempos de la Genómica y disminuir sus costos. Mediante NGS, hoy es posible realizar caracterizaciones exhaustivas de los distintos tipos de cáncer, ilustrando su heterogeneidad y evolución, y brindando herramientas objetivas para guiar el tratamiento oncológico.Si bien el foco inicial radicó en describir exhaustivamente el perfil mutacional de los distintos tipos de tumores, ya han surgido nuevas aplicaciones que permiten interrogar más allá del genoma tumoral, como la secuenciación de ADN circulante (cfDNA, cell-free DNA), según el concepto de ?biopsia líquida?.En el presente trabajo se abordó la secuenciación dirigida de 409 genes relacionados con cáncer, partiendo de tres fuentes de ADN provenientes de un paciente con cáncer rectal: biopsia tumoral (ADN tumoral), sangre periférica (ADN normal) y plasma (cfDNA). Mediante PCR multiplexadas se construyeron bibliotecas con los genes amplificados, posteriormente secuenciadas en un Ion Proton. Los datos obtenidos se sometieron a controles de calidad utilizando herramientas informáticas desarrolladas in house, y se realizó la búsqueda de variantes con el software Ion Reporter. Las variantes halladas pasaron por un proceso de anotación sumando diversas bases de datos para evaluar su significado biológico. Del total de variantes encontradas en el tumor, un 67% fueron también detectadas en cfDNA, distribuidas en genes relacionados a cáncer colorrectal tales como APC, EGFR y KRAS, entre otros. De estas variantes, siete son consideradas ?accionables?, ya que podrían tener un posible impacto en la susceptibilidad a tratamientos dirigidos.La realización de esta prueba de concepto nos ha permitido diseñar una metodología de trabajo con procedimientos y herramientas de análisis novedosas, que permite identificar mutaciones en cfDNA con potencial relevancia biológica y clínica en forma personalizada, proponiendo al cfDNA como un posible biomarcador de menor invasividad capaz de contribuir a un mejor manejo terapéutico.