Análisis de la presencia del polimorfismo ZFP36*2 a>g en pacientes con cáncer de mama en una población argentina

LARA, ANGELA; BOGNI EMILIA; SALABERRY PEDRO; JORDANOVSKI NOEMI; QUEROL ELIANA; COSTA FLORENCIA; CARRASCO MARY; MALTAGLIATTI DANIELA; SANCHOTENA VERÓNICA; LEGUINA LAURA; VORNETTI SILVIA; FLAKS DIEGO; ACOSTA GABRIELA; ARIAS CLAUDIA; EDITH C KORDON

CABA

Jornada; XXXV Jornadas Multi-disciplinarias de Oncología; 2022

Instituto Angel H. Roffo

Introducción y antecedentes: TTP es una proteína codificada por el gen ZFP36, que induce la degradación específica de RNAs mensajeros de diversas citoquinas inflamatorias, oncogenes y factores angiogénicos. Se ha demostrado que un déficit en la expresión de TTP está asociado a tumores mamarios más agresivos. Por otro lado, se ha reportado un SNP según el cual el genotipo AG ó GG, comparado con el genotipo AA, en el sitio ZFP36*2 en la región promotora, está asociado a un peor pronóstico para pacientes caucásicas con cáncer de mama. Basados en estos antecedentes nos propusimos analizar la frecuencia de dicho SNP en una población de pacientes argentinas y caracterizar sus efectos sobre la expresión del gen ZFP36, mediante un abordaje experimental y bioinformático.Objetivos:•Determinar la presencia del SNP ZFP36*2 A>G y surelación con la expresión de TTP en muestras de pacientes y en líneas celulares de cáncer de mama.•Identificar factores de transcripción que interactúan con las secuencias regulatorias donde se encuentra el polimorfismo, a partir de análisis bioinformáticos.Materiales y métodos:Se extrajo ADN genómico (gDNA) a partir de cortes frescos de tumores mamarios y de homogenato de las líneas celulares en cultivo. Se amplificó (luego del diseño y puesta a punto de varios pares de cebadores alternativos) un fragmento de 394 pb que incluye el polimorfismo. Para detectar el SNP se secuenciaron y/o se digirieron dichos fragmentos con la enzima de restricción Tsp45I que reconoce diferencialmente la variante presente en el genoma. Por bioinformática se predijo el impacto del SNP en la expresión del gen ZFP36 (herramienta ExPecto) y se analizaron datos de ChIP-seq (secuenciación post-inmuno-precipitación de la cromatina) para identificar posibles factores de transcripción que podrían verse afectados por la presencia de la variante ZFP36*2 A>G. También se evaluaron bases de datos de secuenciación genómica de personas de diversa ancestría. Finalmente, se analizó la expresión de TTP por inmuno-histoquímica en los tumores y por ensayos de Western Blot en las líneas celulares.Resultados:De los pacientes analizados (n=14), 64,3% resultaron heterocigotas, 21,4% GG y 14,2% AA. La línea MDA-MB231 presenta trisomía del cromosoma de ZFP-36 y T47D presenta genotipo GG y MCF-7 AA.Por bio-informática hallamos que la variante ZFP36*2 A>G resultaría en una disminución de la expresión máxima de 0.12 puntos (log) y que en la región del SNP se identifica la unión del factor de trancripción STAT3 (umbral de confianza=500, valor q en escala PHRED). Respecto a la expresión de TTP, se observan niveles leves-moderados en las pacientes AA, moderados-altos en las AG y leves en pacientes GG. A su vez, se encontró una correlación positiva entre P-STAT3 y la expresión de TTP citoplasmático, en muestras de tumores primarios. La línea MCF-7 no mostró niveles menores de TTP que las otras analizadas. Conclusiones:La frecuencia de los alelos analizados en las pacientes parecería corresponde a la reportada para otras poblaciones de Latinoamérica (que difiere de la europea).El genotipo GG podría corresponder a una menor expresión de TTP, si bien aún no reunimos suficientes datos para afirmarlo.STAT3 podría modular la expresión de TTP aunque no hemos establecido si el SNP afectaría esa posible actividad.