Supermatrices y programas de filogenia basados en modelos: una mala combinación

GOLOBOFF, PABLO

La Plata

Congreso; IX Reunión Argentina de Cladística y Biogeografía; 2010

Museo de La Plata

Se discuten e ilustran algunos problemas asociados con el análisis de "supermatrices" (matrices con varios genes concatenados) mediante los programas más comunes de análisis filogenético basado en modelos (i.e. RAxML, MrBayes, GARLI, PAUP*).  Las supermatrices tienen, típicamente, bloques desplazados de entradas faltantes.  Esto puede determinar que algunos grupos, si bien no apoyados, sean mucho más frecuentes en los árboles óptimos o cuasi-óptimos, creando importantes sesgos al calcular valores de bootstrapping o jacknifing con los métodos usados por estos programas. La posible consecuencia de este problema es que el análisis convencional de estas matrices puede llevar a considerar como "bien apoyados" resultados que son --inclusoa la luz de la propia matriz-- completamente absurdos.  Este problema puede corregirse si se toma en cuenta apropiadamante la ambigüedad al analizar cada una de las matrices remuestreadas (e.g. como se hace en programas de parsimonia, tal como TNT); sin embargo, la estrategia de diseño de los programas de maximum likelihood basados en modelos (que típicamente ahorran tiempo utilizando búsquedas más superficiales y salvando un solo árbol por réplica) dificulta esta corrección --corregir el problema implicaría un significativo enlentecimiento de los cálculos.  Se presentan también ejemplos (tanto para matrices artificiales como simuladas) que ilustran serios problemas con el bootstrapping y jacknifing, incluso cuando la ambigüedad es tomada en cuenta adecuadamente durante las búsquedas.