Evaluacion molecular del potencial biodegradador de suelos antárticos contaminados con hidrocarburos

VAZQUEZ, S.; HEBE M. DIONISI; RUBERTO, L.; MAC CORMACK, W.

Buenos Aires

Congreso; V° Simposio Argentino y I° Latinoamericano sobre Investigaciones Antárticas; 2004

Instituto Antártico Argentino

Estudiar la dinámica de poblaciones bacterianas a escala molecular es esencial para comprender los procesos de biodegradación de contaminantes y estudiar cómo éstos pueden ser estimulados y monitoreados. El uso de marcadores filogenéticos, como el gen ARNr 16S, aporta muy poca información acerca de los procesos biodegradativos debido a que éstos no son necesariamente llevados a cabo por bacterias relacionadas. Por lo tanto, es importante complementar con la detección de genes de enzimas claves en rutas biodegradativas, ya que éstos pueden reflejar la diversidad funcional de estas poblaciones de bacterias. Los estudios moleculares utilizados consisten en el aislamiento de ADN a partir de cultivos de cepas y consorcios y a partir de muestras de suelo contaminado de las bases Tte.Jubany y Vo Marambio, Antártida, y la posterior amplificación por PCR de genes involucrados en la degradación de hidrocarburos alifáticos y aromáticos (alkB, nahAc y xylE) y del gen ARNr 16S, cuya secueciación (junto con el uso de técnicas clásicas y el sistema API20, Biomerieux) permitió la identificación de las cepas. Para XylE y nahAc se decidió usar primers degenerados tomados de la bibliografía. Para el diseño de primers específicos para el gen alkB se alinearon 35 secuencias de este gen obtenidas de las bases de datos. Su análisis demostró la existencia de muy pocas regiones conservadas y similitudes variables entre 41 y 100%, indicando la dificultad en el diseño de un único par de primers capaz de reconocer todas las secuencias, debido a su alta variabilidad. Otro problema que surge al momento de diseñar primers para estudios de este tipo es el sesgo encontrado en las bases de datos hacia secuencias provenientes de organismos fácilmente cultivables, mientras que los no cultivables están pobremente representados. También el aislamiento de ADN total de suelos presenta numerosos inconvenientes por los bajos rendimientos que se obtienen con los suelos estudiados y la dificultad para amplificar los genes. Al presente se está trabajando en la puesta a punto de estas técnicas para las muestras de Antártida, con el objetivo de caracterizar las cepas y consorcios usados en biomagnificación, analizar los cambios en las comunidades bacterianas degradadoras y monitorear los procesos de bioremediación.