Análisis por DGGE de la diversidad de bacterias enriquecidas en HAPs a partir de sedimentos marinos de la costa patagónica

LARA, J.A.; RIVA MERCADAL, J.P.; LOZADA, M.; DIONISI, H.; FERRERO, M.A.

Córdoba, Argentina

Congreso; XI Congreso Argentino de Microbiología; 2007

Asociación Argentina de Microbiología

En la costa patagónica las actividades antropogénicas son las principales causas de introducción de Hidrocarburos Aromáticos Policíclicos (HAPs) en este ambiente. En este trabajo se propone realizar una descripción de la diversidad bacteriana cultivable presente en diversos sitios de la costa patagónica utilizando una combinación de PCR-DGGE y analizar su capacidad biodegradativa para un potencial uso en biorremediación. Los enriquecimientos fueron realizados en medio mínimo líquido a 20 ºC adicionado con naftaleno o fenantreno y utilizando como inóculo el sedimento intermareal de distintos puntos de la costa patagónica: muelles de Puerto Madryn, Comodoro Rivadavia, Rawson y Ushuaia. A distintos tiempos (15, 30 y 60 días), se tomaron alícuotas del mismo frasco que fueron utilizadas para la extracción de DNA total y para el crecimiento en medio sólido de las poblaciones microbianas proveniente de los enriquecimientos.  El análisis de las comunidades bacterianas mediante DGGE, nos permitió establecer no solo la identidad de las bacterias obtenidas por enriquecimiento en los distintos sitios muestreados, sino comparar las poblaciones seleccionadas en las diferentes condiciones de cultivo. La reamplificación y secuenciación de las bandas obtenidas por DGGE, nos permitió establecer la presencia de una gran variedad de bacterias marinas, entre las cuales se destaca Cycloclasticus sp., presente en todos los sedimentos analizados y enriquecida en medio líquido tanto con naftaleno como con fenantreno. Sin embargo, esta bacteria estuvo pobremente representada en medio sólido. A diferencia de Cycloclasticus sp., bacterias representantes de los géneros Cobetia,  Halomonas y Marinomomas fueron solamente encontradas en poblaciones obtenidas en medio sólido. Paralelamente, la presencia de genes que codifican para la enzima naftaleno 1,2-dioxigenasa, fue investigada también en los ADNs totales extraídos de las poblaciones bacterianas enriquecidas, utilizando una variedad de cebadores diseñados para bacterias marinas degradadoras de HAPs. La presencia de genes phnA1 descriptos en bacterias del género Cycloclasticus fue observada en la mayoría de los enriquecimientos con un grado de conservación muy elevado. CONCLUSIÓN: La presencia de genes de tipo phnA1 en enriquecimientos realizados a partir de sedimentos y de secuencias del gen del ARNr 16S del género Cycloclasticus indican la presencia de bacterias degradadoras de HAPs pertenecientes a este género en sedimentos costeros de Patagonia. Los genes phnA1 también fueron detectados mediante PCR en poblaciones bacterianas compuestas por otros géneros como Cobetia y Halomonas demostrando potencial de degradación intrínseca en bacterias cuyo metabolismo de HAPs es poco conocido.