Estudio del desequilibrio de ligamiento en girasol cultivado (Helianthus annuus) mediante polimorfismo de simple nucleótido

FUSARI C.; LIA V.V.; HOPP HE; HEINZ R.A.; PANIEGO N.

Pergamino, Argentina

Congreso; XXXVI Congreso Argentino de Genética; 2007

Sociedad Argentina de Genetica

Los polimorfismos de simple nucleótido (SNPs) y las pequeñas inserciones y/o deleciones (InDels) representan una de las mayores fuentes de variación fenotípica, y por lo tanto, el estudio sistemático del análisis de asociación entre SNPs y fenotipos de interés, es una alternativa promisoria para la identificación de variantes alélicas causativas. Aquí describimos los resultados iniciales de la evaluación del desequilibrio de ligamiento (LD) en girasol en prospectiva para la aplicación del mapeo por asociación como estrategia de mejoramiento genético. Para ello, se diseñaron oligonucleótidos para amplificar regiones de 500‑1600pb para 22 genes candidatos relacionados con respuestas a estrés que fueron evaluados sobre 19 líneas elite de girasol.  El tamaño total del consenso obtenido fue de 11067pb con 56% de secuencia codificante. El programa SeqScape (Applied Biosystem) permitió definir 117 SNPs informativos y 44 InDels. En promedio, esto representa 1 SNP cada 94.56 pb. La diversidad nucleotídica (p y qW), el número de haplotipos promedio y los indices R2 utilizados para la evaluación del LD  presentaron valores comparables a los publicados para girasol cultivado por Liu y Burke (2006). Los valores de R2 decaen hasta 0.2 a las 1000pb, y llegan a 0.1 a las 4800pb.  Los resultados obtenidos sugieren que el mapeo de asociación puede aportar un alto grado de resolución en la identificación de los genes responsables de las variantes funcionales presentes en el germoplasma de girasol. Actualmente se están ensayando técnicas de tipo EcoTILLING que posibiliten la genotipificación de accesiones de germoplasma de girasol de los bancos activos del INTA.