Evaluación de la diversidad nucleotídica y el desequilibrio de ligamiento en líneas elite de girasol (Helianthus annuus).

FUSARI C; LIA V.V.; HOPP HE; HEINZ R.A.; PANIEGO N.

Viña del Mar, Chile.

Congreso; VI Encuentro Latinoamericano y del Caribe de Biotecnología Agropecuaria. REDBIO; 2007

REDBIO

Los polimorfismos de simple nucleótido (SNPs) y las pequeñas inserciones y/o deleciones (InDels) conjuntamente con las técnicas de genotipificación actuales, constituyen herramientas poderosas para realizar estudios genéticos de asociación. Estos estudios comprenden, entre otros, el análisis de la diversidad nucleotídica y el desequilibrio de ligamiento (LD). La diversidad nucleotídica es una fuente importante de variación fenotípica, por lo tanto, el estudio sistemático de la asociación entre SNPs y fenotipos, es una alternativa promisoria para la identificación de variantes alélicas causativas (Quantitative Trait Nucleotides, QTNs). Aquí presentamos los resultados de la evaluación de la diversidad nucleotídica y el LD  mediante el estudio de SNPs e InDels en líneas elite de girasol. Para ello, se amplificaron las regiones codificantes  y no codificantes correspondientes a 22 genes y polimorfismos candidatos relacionados a respuestas a estrés sobre 19 accesiones. En este proceso se combinó la información disponible para girasol en bases de datos públicas con la confirmación experimental de los polimorfismos identificados. El tamaño total del consenso obtenido fue de 11067pb, el 56% del mismo corresponde a secuencia codificante. El programa SeqScape (ABI) permitió definir 117 SNPs informativos y 44 InDels. En promedio, esto representa 1 SNP cada 94.56 pb, estimación que coincide con una aproximación obtenida del análisis in silico de 55,532 ESTs de girasol usando el programa SNPDiscovery. La diversidad nucleotídica (p y qW), el número de haplotipos promedio y los indices R2 para la evaluación de LD se determinaron utilizando el programa DNAsp. Los valores de p y qW estimados sobre el conjunto de líneas estudiadas son comparables a los publicados recientemente para girasol cultivado por Liu y Burke (2006). Los valores de R2 decaen hasta 0.2 a las 1000pb, y llegan a 0.1 a las 4800pb. A fin de evitar posibles distorsiones introducidas por las diferencias en el muestreo de loci y para determinar las relaciones entre los genotipos usados en ambos trabajos los 9 loci analizados por dichos autores se incluyeron también en este estudio. Los resultados obtenidos sugieren que el mapeo de caracteres agronómicos basado en estudios de asociación puede aportar un grado de resolución importante en la identificación de los genes responsables de las variantes funcionales presentes en el germoplasma de girasol.