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La identificación de especies de Leishmania tiene importancia epidemiológica en Salta,donde se encuentra la zona de mayor endemicidad en nuestro país. Sin embargo hasta el momento, excepto por trabajos de nuestro grupo, la identificación de muestras se ha llevado a cabo en laboratorios externos. Por este motivo nuestro objetivo fue optimizar la técnica de PCR de polimorfismo específica (PS-PCR) (Barrio y cols, 2009), identificar especies de Leishmania en muestras de pacientes y comparar su sensibilidad con la PCR con primers genéricos (PCRk) que utilizamos actualmente para diagnóstico (Barrio y cols, 2007). Se incluyeron muestras de pacientes con diagnóstico parasitológico positivo (microscópico y/o aislamiento en cultivo) y que fueron positivas mediante PCRk. Se trabajó con dos tipos de muestras: a) parásitos aislados en cultivo mediante aspirado de lesiones (n=38) y b) muestras clínicas obtenidas de raspado de lesiones (n=52). Además, con el fin de determinar la sensibilidad de la técnica de PS-PCR con respecto a PCRk, se realizaron diluciones sucesivas de parásitos en buffer TE (desde 0.0001p/300μl TE a 106 p/300μl TE). La PCRk mostró un límite de detección de 0.01 p/300μl TE, mientras que la PS-PCR (con primers de subgénero) 103p/300μl TE. De los 90 casos analizados, se pudo determinar el subgénero del 67.7%(n=61): 56 amplificaron subgénero Viannia (V) y 5 el subgénero Leishmania. A su vez, 38 muestras fueron identificadas como L (V) braziliensis y 3 como L (L) amazonensis. En el resto de casos (32.3%), no fue posible identificar la especie. A pesar de la baja sensibilidad de la técnica de PS-PCR con respecto a PCRk (sensibilidad=0.67) para ser utilizada en diagnóstico, es importante su aplicación en nuestro laboratorio para la identificación de aislados en cultivo, en los cuales se pudo determinar subgénero y especie en el 100% de casos