Secuenciación de transcriptomas de Austrocedrus chilensis y análisis de la respuesta a sequía.

TORALES, S.; RIVAROLA, M.; GONZALEZ, S.; AZPILICUETA, M.M.; VARELA, S.; ARANA ,MV; MARCHELLI, P; PANIEGO, N.B.; MARCUCCI POLTRI S.

Bariloche

Simposio; XLIII Congreso Argentino de Genética-Simposio Bases moleculares de la respuesta a estrés abiótico es especies forestales; 2014

Austrocedrus chilensis es la conífera nativa de mayor importancia económica y ecológica en la región Andino Patagónica por el valor de su madera y por su tolerancia a condiciones de estrés hídrico. Debido a que no se disponen de recursos genómicos en la especie, se secuenciaron y analizaron transcriptomas de hoja utilizando la metodología de pirosecuenciación, Roche 454, a partir de dos grupos de plantas, control y con tratamiento de estrés hídrico, a fin de dilucidar los genes que contribuyen a la tolerancia de esta especie a ambientes restrictivos de agua. Un total de 396.401 lecturas correspondientes a las 2 condiciones ensayadas, fueron ensambladas conjuntamente utilizando el software Newbler obteniéndose 32.255 transcriptos, (1.731 isotigs y 30.524 singletons). Se realizó la anotación funcional utilizando las herramientas Blast2GO e InterProScan. El 90% de los isotigs y el 50% de los singletons tuvieron al menos un Blast hit, de los cuales aproximadamente entre el 60 y 80% contaron con al menos un término de gene ontology (GO) asignado. Se realizó un análisis de potenciales marcadores moleculares, obteniendo 253 SNP's para la muestra control y 186 para la muestra estrés y 1.450 SSRs en los transcriptos totales ensamblados. Se estimó la expresión diferencial utilizando los 1.731 isotigs (transcriptos), tomando como medida de expresión el conteo de lecturas para cada isotig y cada condición, normalizando por la cantidad total de lecturas de cada librería. Luego de este análisis, 354 transcriptos mostraron valores de -2 > log2(FC) > 2 (comparación estrés/control).