Aplicación de secuenciación masiva para la detección de diversidad genética en especies forestales de bajo polimorfismo

ARIAS-RIOS, J.A.; MARCHELLI P; PUEBLA, A; VERA, P; EL MUJTAR, V.A.

Jornada; Jornadas Forestales Patagónicas: El rol de los bosques en un mundo diferente; 2022

Las metodologías de secuenciación masiva con reducción de genoma destacan por su mediano rendimiento (número de secuencias generadas) y su bajo costo, siendo adecuadas para estudios genómicos en especies sin genoma de referencia. Las mismas han contribuido fuertemente al análisis de asociación genética, asociación ambiental y detección de outliers en especies no-modelo. Nothofagus alpina, “raulí”, es una especie forestal patagónica, ecológica y económicamente importante, cuya distribución podría ser afectada por los cambios en el clima. El objetivo de este trabajo fue evaluar la metodología ddRADSeq para el análisis de diversidad nucleotídica en la especie. Para ello, en la población natural Quechuquina, se seleccionaron tres individuos distanciados al menos 30 metros a fin de evitar relaciones de parentesco. De cada individuo se colectaron hojas para extracción de ADN. Para el genotipado por secuenciación mediante ddRADSeq se utilizaron EcoRI y MboI para la generación de bibliotecas paired-end (2x75 bp) que fueron secuenciadas en NextSeq (Illumina). El análisis bioinformático de las secuencias obtenidas (promedio de 1,4 M por individuo) se realizó utilizando Stacks en la plataforma Galaxy. Previamente al ensamblado de novo, se realizó filtrado de secuencias de poca calidad y corte en el extremo 3’ a longitud final de 66 nt. Se obtuvo un promedio de 7000 clusters polimórficos por individuo, con una cobertura promedio de 32X y una tasa media de heterocigocidad del 11%. Esta información indica que la metodología es adecuada para análisis de diversidad nucleotídica en N. alpina, lo que permitirá avanzar con su implementación en estudios de asociación fenotipo-genotipo.