INVESTIGADORES
GIOVAMBATTISTA Guillermo
convenios, asesorías y/o servicios tecnológicos
Título:
ST 994 Servicio de análisis bioinformático de microarreglos de transcriptomas. Nivel básico
Autor/es:
ABBA M; OLIVERA L H; GIOVAMBATTISTA G
Fecha inicio:
2012-11-01
Fecha finalización:
2030-06-01
Campo de Aplicación:
Otros campos
Descripción:
Se dispone de un servidor dedicado con BioLinux-6 workstation y un cliente FTP para que el usuario del servicio deposite su información garantizado la confidencialidad de la información. Para el pre-procesamiento de datos se emplean los métodos más robustos tales como RMA y fRMA mediante análisis con R-Bioconductor. En análisis estadístico de los datos se realiza con el programa open-source MultiExperiment Viewer (4.8), el cual dispone de una amplia gama de algoritmos de clasificación y comparación para la identificación de ´gene expressio signatures´. Se genera una lista de genes diferencialmente expresados donde se detallan la identidad de cada gene (Probe_ID, Gene_ID, Entrez_ID, RefSeq, Descripción del gen, etc), la significancia estadística (p-value, p-value ajustado), correcciones por FDR (q-value), y la intencidad del cambio (Fold Changes). Para el data mining se emplean múltiples recursos informáticos tales como: Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery (DAVID) y REViGO, KEGG, etc. con la finalidad de identificar términos de Ontología Génica de significancia estadística y relevancia funcional.
