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El reconocimiento molecular en sistemas biológicos, es uno de los componentes clave de muchas funciones celulares, y consiste en la formación de complejos proteina-ligando (o proteína-proteina) no covalentes. En este contexto, surgen dos desafios complementarios, por un lado la predicción de los posibles sitios de unión de ligandos sobre la superficie de una proteína dada, y por otro, la correcta predicción de la conformación o estructura del complejo resultante. Los métodos computacionales, que combinan simulaciones de dinámica molecular (DM) con análisis basados en la termodinámica estadistica (TE) y los métodos de docking molecular, se presentan como una excelente opción para atacar estos desafios, permitiendo a su vez lograr una comprension de los fenómenos a escala molecular. En el presente trabajo, se mostrará como perseguir el primero de estos objetivos (la identificación de sitios de unión de ligandos) utilizando simulaciones de DM en mezclas de solvente agua/isopropanol.1⁠ Luego, mostraremos como hemos combinado resultados vinculados a la estructura de solvatación en la superficie proteica, con el método docking molecular (Autodock 4), con el objetivo de mejorar su capacidad predictiva. 2, 3 ⁠ Los resultados muestran que la simulaciones de DM Agua/Isopropanol son capaces de muestrear el sitio de reconocimiento de ligandos y que la inclusión de la estructura de solvatación en los esquemas de Docking mejora de manera significativa el carácter predictivo de los mismos. Reference (1) Seco, J.; Luque, F. J.; Barril, X. Journal of medicinal chemistry 2009, 52, 2363-71. (2) Gauto, D. F.; Di Lella, S.; Guardia, C. M. a; Estrin, D. a; Martí, M. a The journal of physical chemistry. B 2009, 113, 8717-24. (3) Gauto, D. F.; Petruk, A. a; Modenutti, C. P.; Blanco, J. I.; Di Lella, S.; Martí, M. a Glycobiology 2012, 1-50.