INQUIMAE   12526
INSTITUTO DE QUIMICA, FISICA DE LOS MATERIALES, MEDIOAMBIENTE Y ENERGIA
Unidad Ejecutora - UE
congresos y reuniones científicas
Título:
Prediction of protein-ligand interaction using position energy matrices
Autor/es:
LÓPEZ, ELIAS DANIEL; DEFELIPE, LUCAS ALFREDO; GAUTO, DIEGO; RODRIGUEZ LIMARDO, RAMIRO GONZALO; MARTI, MARCELO ADRIÁN; TURJANSKI, ADRIAN GUSTAVO
Lugar:
Buenos Aires
Reunión:
Congreso; 40º Reunión Anual de la Sociedad Argentina de Biofísica; 2011
Institución organizadora:
Sociedad Argentina de Biofísica
Resumen:
Las proteínas quinasas activadas por mitógenos (MAPKs) son serin-treoninquinasas que participan en las vías de señalización celular y se encuentraninvolucradas en diversos procesos fisiológicos como ser la proliferación, ladiferenciación, la supervivencia y la migración.1 Para realizar su función lasMAPKs deben interactuar con un gran número de proteínas, ya sea para seractivadas/deasactivadas o para fosforilar diversos blancos. Elreconocimiento proteína-proteina se produce tanto para los componentes ríoarriba como río debajo de las MAPKs por un sitio alejado del sitio activodenominado sitio de Docking.2 Recientemente se han cristalizado MAPKsde las familias p38, ERK y JNK con péptidos lineales de 10 aminoacidos delargo unidos a los sitios de docking. Por otro lado, estudios bioquímicos handeterminado la afinidad de un grupo pequeño de péptidos por las diferentesMAPKs. En este trabajo usamos técnicas de modelado molecular y elsoftware FOLDX3 para determinar la energía de interacción de péptidos conel sitio de Docking. Mediante dinámica molecular se incluyó la flexibilidadde la cadena carbonada en la determinación de la energía libre de unión(∆G). Los resultados ∆G para péptidos seleccionados mostraron buenacorrelación con los resultados experimentales. Se realizaron todas lasmutaciones posibles y se evaluó la selectividad por sitio en el péptido.Considerando que la contribución energética de cada sitio es aditiva seanalizaron todos los posibles blancos del genoma humano. Se realizó unabúsqueda (BLASTP sobre la base de datos non-redundant del NCBI en elgenoma humano) de potenciales nuevas interacciones con ERK2. Esteacercamiento no solo permite encontrar nuevos interactores de las MAPKssino el diseño racional de péptidos o péptido-miméticos para la inhibiciónde estas proteínas
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