Structural insight in Globins through Computer Simulation

D. A. ESTRIN

Amberes

Congreso; XVIth International Conference on oxygen binding and sensing proteins; 2010

We will present results showing the application of different computer simulation schemes, namely classical molecular dynamics simulations, and hybrid quantum­classical (QM­MM) calculations to shed light on the structure and dynamics of globins. We will show as representative examples:i) the   analysis   of   the   molecular   basis   of   hexacoordination   in   human   neuroglobin,   which suggests that the flexibility of the CD plays a key role in determining the ligand binding properties. ii) The dynamical nature of the hydrogen bonding networks in the 2 over 2 hemoglobin family. Specifically, we will show results of truncated hemoglobin of group III of  C. Jejuni, that show   an   intrincate   interplay   of  H­bonding   of  the   three   aminoacids   located   in   the   distal cavity, and on the truncated hemoglobin O of B. Subtilis that shows an unexpected behaviour not obvious from the inspection of the crystal structure.iii) Multiple conformations linked to H­bonding networks in other globins, such as C. Lacteus minihemoglobin, the soybean leghemoglobin, and P. Caudatum hemoglobin.