1. Vinardo: Una función de puntuación basada en Autodock Vina con mejores capacidades de predicción de afinidades, docking, y cribado virtual.

VILLARREAL, MARCOS A.; QUIROGA, RODRIGO

Huerta Grande

Workshop; VII Escuela Argentina de Matemática y Biología, BIOMAT 2016; 2016

Autodock Vina es un programa de docking ligando-proteína muy popular, altamente citado y de código abierto. Basados en la función de puntuación (scoring function) del Vina, hemos desarrollado una función de puntuación que llamamos Vinardo, por Vina RaDii Optimized. En el enfoque tradicional para entrenar funciones de puntuación se utiliza regresión lineal para optimizar la correlación entre las afinidades de unión predichas con las afinidades experimentales. Aquí demostramos que esta estrategia no necesariamente da lugar a una función con buenas capacidades de docking. Vinardo fue entrenado a través de un enfoque novedoso que relaciona la capacidad de docking de una función de puntuación con la presencia de mínimos locales cercanos a la estructura cristalográfica de un dado complejo ligando-proteína. Utilizando esta idea junto con ensayos de redocking y siguiendo la correlación entre afinidad predicha y experimental, hemos desarrollado una función de puntuación simplificada con una mejor performance general. Aquí presentamos el desarrollo de la función de puntuación, poniendo de relieve sus diferencias con Vina. Además comparamos el rendimiento de las dos funciones en la predicción de afinidades, redocking, y cribado virtual. Vinardo supera a Vina en todas las pruebas realizadas, para todos los conjuntos de datos analizados.