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En la Patagonia Argentina, región caracterizada por un marcado gradiente de precipitaciones oeste-este (3.000 a 200 mm de media anual), se localizan a lo largo del paisaje pequeñas áreas inundables que forman humedales denominados mallines. Son ecosistemas complejos cuya dinámica está relacionada con una gran variedad de procesos físicos, químicos y biológicos. Sin embargo, su estructura y funcionamiento está regulada principalmente por el clima y la hidrología. El objetivo del presente trabajo fue describir y analizar la composición y estructura de ensambles de macroinvertebrados en humedales patagónicos bajo diferentes regímenes de precipitaciones. En el sudoeste de la provincia de Río Negro se seleccionaron 9 mallines de bosque, dentro de un rango de precipitaciones medias anuales entre 1700-2500 mm, y 7 de estepa cuyo rango de precipitaciones medias anuales osciló entre 200-500 mm. Se determinaron las características fisicoquímicas del agua, incluyendo temperatura, oxígeno disuelto, pH, conductividad eléctrica, alcalinidad, clorofila y principales nutrientes. Los macroinvertebrados se colectaron en la columna de agua con redes de mano (D-frame) de 500 µm de tamaño de poro tomándose tres réplicas por humedal. Se exploraron diferentes modelos estadísticos para establecer si existieron diferencias entre variables ambientales y medidas o índices comunitarios entre las biozonas. Los humedales de estepa presentaron significativamente mayor salinidad, alcalinidad y, concentraciones de fósforo reactivo soluble y clorofila que los de montaña. En total se determinaron 119 taxa de macroinvertebrados, 95 en humedales de bosque y 53 en estepa, con 29 taxa presentes en ambas biozonas. Los ensambles de macroinvertebrados en humedales de bosque presentaron significativamente mayor riqueza taxonómica, diversidad (Shannon) y abundancia y se destacaron por su abundancia relativa diversos taxa de Chironomidae, Verger spp, y Hyallela spp. En cambio en los humedales de estepa los ensambles fueron más pobres, con mayor abundancia relativa de crustáceos, Copepoda spp, y Ostracoda spp, junto con Chironomidae spp.