IFLYSIB   05383
INSTITUTO DE FISICA DE LIQUIDOS Y SISTEMAS BIOLOGICOS
Unidad Ejecutora - UE
congresos y reuniones científicas
Título:
INFLUENCIA DE LA SOLUCIÓN FISIOLÓGICA EN EL ANALISIS CONFORMACIONAL DE PROTEÍNAS. SIMULACION MEDIANTE DINAMICA MOLECULAR
Autor/es:
M.C. DONNAMARÍA, S.N. MONACHESI, J.R. DE XAMMAR ORO Y J.R. GRI
Lugar:
La Plata
Reunión:
Jornada; Jornada sobre Ciencia, Tecnología y Sociedad; 2009
Institución organizadora:
Facultad de Ciencias Exacatas - UNLP
Resumen:
<!-- /* Font Definitions */ @font-face {font-family:AdvTT6120e2aa; panose-1:0 0 0 0 0 0 0 0 0 0; mso-font-charset:0; mso-generic-font-family:roman; mso-font-format:other; mso-font-pitch:auto; mso-font-signature:3 0 0 0 1 0;} @font-face {font-family:"AdvTT50a2f13e.I"; panose-1:0 0 0 0 0 0 0 0 0 0; mso-font-charset:0; mso-generic-font-family:roman; mso-font-format:other; mso-font-pitch:auto; mso-font-signature:3 0 0 0 1 0;} @font-face {font-family:AdvTT6120e2aa+03; panose-1:0 0 0 0 0 0 0 0 0 0; mso-font-charset:0; mso-generic-font-family:auto; mso-font-format:other; mso-font-pitch:auto; mso-font-signature:3 0 0 0 1 0;} /* Style Definitions */ p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal {mso-style-parent:""; margin:0cm; margin-bottom:.0001pt; mso-pagination:widow-orphan; text-autospace:none; font-size:10.0pt; font-family:"Times New Roman"; mso-fareast-font-family:"Times New Roman"; mso-ansi-language:ES-AR; mso-fareast-language:ES;} @page Section1 {size:612.0pt 792.0pt; margin:70.85pt 3.0cm 70.85pt 3.0cm; mso-header-margin:36.0pt; mso-footer-margin:36.0pt; mso-paper-source:0;} div.Section1 {page:Section1;} --> <!-- /* Font Definitions */ @font-face {font-family:SimSun; panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1; mso-font-alt:?????¡ì???; mso-font-charset:134; mso-generic-font-family:auto; mso-font-pitch:variable; mso-font-signature:3 135135232 16 0 262145 0;} @font-face {font-family:"@SimSun"; panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1; mso-font-charset:134; mso-generic-font-family:auto; mso-font-pitch:variable; mso-font-signature:3 135135232 16 0 262145 0;} /* Style Definitions */ p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal {mso-style-parent:""; margin:0cm; margin-bottom:.0001pt; mso-pagination:widow-orphan; text-autospace:none; font-size:10.0pt; font-family:"Times New Roman"; mso-fareast-font-family:SimSun; mso-ansi-language:ES-AR; mso-fareast-language:ES;} @page Section1 {size:612.0pt 792.0pt; margin:70.85pt 3.0cm 70.85pt 3.0cm; mso-header-margin:36.0pt; mso-footer-margin:36.0pt; mso-paper-source:0;} div.Section1 {page:Section1;} --> En estas jornadas el poster presentado tuvo por objetivo mostrar nuestros procedimientos computacionales para llevar a cabo simulaciones con el propósito de analizar propiedades estructurales y dinámicas de proteínas tanto en agua pura como en solución fisiológica,  con el fin de determinar el efecto del solvente sobre sus conformaciones tanto estáticas como dinámicas (teniendo en cuenta su flexibilidad). Se destaca como herramienta de modelización computacional la Dinámica Molecular  (DM), en particular el paquete Gromacs 3.3.3. La solución fisiológica se simula con agua pura más campo de reacción y apantallamiento eléctrico, K= 0,8, (inversa de la longitud de Debye), y también con dinámica de contraiones (CL-, Na+). Para modelizar el agua se utiliza el modelo SPC/E. La flexibilidad se estima mediante los datos de desviación cuadrática media (Root Mean Square Deviation –RMSD) de las distancias de los C-α comparados con la conformación original experimental. También se estudia el comportamiento de las biomoléculas a partir de los datos de RMSD en función del tiempo. Con el objeto de corroborar las conclusiones halladas a partir de los datos de RMSD y a partir de la estructura secundaria (program  do_dssp) se visualiza cada biomolécula a través de su conformación promedio .Se destacan las diferencias que se observan según se simule en agua pura o en solución fisiológica. También, para largos tiempos, hay diferencias entre DM de solución fisiológica modelizada con campo de apantallamiento  o DM de contraiones, lo que merece un estudio más profundo. Se presentó como ejemplo los estudios llevados a cabo, anteriormente, sobre el glucagon-like peptide-1, (GLP-1).